Le monde de la recherche

Samedi 18 septembre 6 18 /09 /Sep 09:30

Pour commencer en douceur, je vous invite à lire cette longue citation tirée d'un ouvrage de fiction: 


"We've got to be careful here, [Interlocuteur]. You ever listened to anybody from the Institute for Creation Research? They spout absolute gibberish about the origin of life, but you can see people in the audience nodding their heads and agreeing with them -- the creationists say the scientists don't know what they're talking about, and they're right, half the time we don't. We open our mouths too early, all in some desperate bid for primacy, for credit. But every time we're wrong -- every time we say we've made a breakthrough in the fight for a cure for cancer or we've solved a fundamental mystery of the universe and then have to turn around a week or a year or a decade later and say, oops!, we were wrong, we didn't check our facts, we didn't know what we were talking about -- every time that happens we give a boost to the astrologers and creationists and New Agers and all the other ripoff artists and charlatans and just plain nut cases. We are scientists, [Interlocuteur] -- we're supposed to be the last bastion of rational thought, of verifiable, reproducible, irrefutable proof, and yet we're our own worst enemies."

 

Première étape, le bacterioquizz: saurez-vous me donner le titre de l'ouvrage duquel est tiré cet extrait? C'est un peu difficile, je vous donne un indice: les scientifiques qui discutent ici travaillent au CERN. On appréciera tout de même la mention des créationnistes, sur ce blog l'évolution n'est jamais très loin.


Sur le fond, le jugement porté sur les scientifiques est bien sûr un peu sévère, pour les besoins de l'intrigue, mais regardons-y de plus près. Sans quitter mon bureau, je peux citer mon exemplaire de La Recherche du mois de septembre, où il est question d'astrophysique: "l'annonce bien orchestrée [...] avait fait grand bruit. Comme La Recherche vous l'a relaté au printemps dernier, le soufflé est un peu retombé , les données n'étant pas suffisantes statistiquement pour établir la découverte". En recopiant ce passage, je m'aperçois que j'ai bien fait de mentionner la discipline, tant ces faits sont monnaie courante dans tous les domaines. En l'occurrence, on appréciera le rôle modérateur de La Recherche, mais force est de constater que les media peuvent avoir leur part dans de tels "soufflés", comme s'en amuse Jorge Cham (bonus sur SMBC comic). C'est ainsi que Craig Venter a été le "premier à recréer la vie en laboratoire"... à trois reprises!


Admettons que certains chercheurs s'écartent parfois de la rigueur et de l'intégrité qui -en principe- caractérise leur activité. Malheureusement, il ne suffit pas d'être scientifique de métier pour devenir un modèle d'objectivité, comme l'illustre l'histoire de la découverte des rayons N par René Blondlot au début du siècle dernier. Probablement de bonne foi, ce respectable physicien "reproduisit" l'observation de ces rayons, en présence de son confrère et contradicteur Robert Wood... qui avait au préalable saboté le dispositif expérimental. Il n'y a pas plus de rayons N que de beurre en broche, et il faudra attendre un petit moment avant que la ville de Nancy ne donne pour de bon son initiale à un rayonnement.  


Oui, les chercheurs peuvent en faire trop, allez trop vite, ne pas vérifier leurs résultats autant de fois qu'ils le devraient, ou encore exagérer dans la promotion de leurs découvertes. Si on laisse de côté l'intéressante question des conséquences (évoquées dans la citation ci-dessus), les causes de ces "manquements à l'esprit scientifique" peuvent relever de la satisfaction de l'égo, des intérêts particuliers... ou même de l'habitude.


Mais il y a une autre raison, tout aussi humaine, mais qui à mes yeux rachète les autres: l'enthousiasme. Les chercheurs ne sont pas des machines rigoureusement objectives, et après tout, tant mieux. Leur passion, si elle peut parfois éloigner de la stricte objectivité scientifique, est ce qui rend la recherche si vivante et si humaine. A ce propos, j'aime bien cette touchante anecdote que m'a narrée un de ses témoins, non sans émotion. Elle concerne Jacques Monod, fameux chercheur qui en étudiant la régulation de l'opéron lactose fut le premier à montrer que l'expression des gènes pouvait changer en fonction des paramètres du milieu (et obtint le prix Nobel en 1965 avec François Jacob et André Lwoff). Quelques années après cette découverte majeure, il devait montrer que dans le cas de certaines enzymes, la reconnaissance d'une molécule induisait un changement de conformation qui modifiait ses propriétés catalytiques. Ce modèle dit allostérique fournissait une explication élégante à l'apparente adaptation des protéines à leur environnement, particulièrement pertinente dans le cas de l'hémoglobine, par exemple. Un beau jour, on vit ainsi Jacques Monod entrer dans le laboratoire de son équipe, sortir la bouteille de whisky du laboratoire*, s'en servir une bonne lampée ("it's not very scientific, but it helps", disait ce bon vieux Fleming), avant de déclarer: "les enfants... j'ai découvert le deuxième mystère de la vie!".

 

 

* dans mon labo de thèse était cachée une bouteille de rhum pour ces occasions, pas toujours aussi révolutionnaires

 

Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Mercredi 2 décembre 3 02 /12 /Déc 09:00
Dans un ancien billet sur le processus de publication scientifique, je décrivais sa pierre angulaire, la "peer review", ou, pour choisir une traduction pas trop littérale, l'évaluation par les pairs. En deux mots, les travaux des chercheurs sont rédigés dans des manuscrits d'articles. Ceux-ci sont soumis à d'autres chercheurs, experts du domaine (les referees), qui (en principe) restent anonymes et dont l'avis est crucial pour décider de la publication. Pour remettre ceci en perspective et si vous souhaitez y passer 5 minutes, vous pouvez regarder cette vidéo (en anglais, mais les symboles aident bien).



Voilà! J'espère que vous avez apprécié le "referee" déguisé en "arbitre"... Bien que l'évaluation par les pairs me soit un peu familière, cette vidéo m'a rappelé au moins deux aspects de ce processus qui ont un fort impact sur la vie des chercheurs. Premier point essentiel, la littérature scientifique qui est passé par le filtre de l'évaluation par les pairs est considérée comme la source primaire du savoir scientifique, même si parfois elle n'est pas exempte d'erreurs, voire de fraudes. On peut donc boucler la boucle idée, hypothèse, expérience, résultat, publication, lecture... et idée! C'est aussi pour cette raison que lorsque l'on souhaite placer un débat sur un plan scientifique, on préfère se rapporter à cette littérature plutôt qu'à des revues de vulgarisation (ou des documentaires), qui sont par ailleurs souvent d'excellente tenue, qui appliquent en général ce même principe et constituent un point de départ appréciable. J'ai plusieurs fois remarqué qu'il pouvait y avoir incompréhension sur ce point, particulièrement quand la discussion impliquait un chercheur et une personne extérieure au monde de la recherche qui ne s'entendaient pas sur ce qu'était une "publication scientifique". De même, c'est le fait de publier dans ces revues à comité de lecture qui valide aux yeux des chercheurs l'activité de recherche elle-même, et non faire des manips dans son garage (ou dans son labo).

Vers la fin de la vidéo, et c'est son grand mérite, vous aurez noté que l'évaluation par les pairs ne se limite pas à la publication scientifique, mais intervient aussi sur des supports un peu moins formels tels que les conférences ou les posters, ceux que l'on déplie à l'occasion des colloques avec un petit noeud au ventre... Elle est également impliquée dans l'attribution des financements de la recherche (du moins la partie "sur projet"), car il convient d'évaluer "en expert" à la fois la portée scientifique de l'idée exposée et la valeur des résultats préliminaires. En un mot comme en cent, l'évaluation par les pairs est l'alpha et l'oméga de l'évaluation du travail des scientifiques. C'est probablement une méconnaissance de cette spécificité qui conduit certains responsables politiques à plaider pour une évaluation des chercheurs fréquente, et surtout administrative. 

Pour finir sur une note plus détendue, cette importance de l'évaluation par les pairs dans la vie scientifique peut expliquer certaines angoisses (témoin le proverbe "publish or perish"), certaines réactions passionnées... comme dans la vidéo ci-dessous. Il s'agit d'une énième parodie de la fameuse scène de colère d'Hitler dans "la Chute". Parodique, certes, mais criant de vérité! On devine le vécu...


Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Vendredi 29 mai 5 29 /05 /Mai 19:23
J'ai déjà eu l'occasion de l'écrire ailleurs: je reconnais volontiers l'utilité et le caractère scientifique de l'expérimentation animale, mais je ne suis pas un fan absolu. Regardez l'illustration ci-dessous, tirée d'un article de 1976 sur lequel je suis tombé par hasard.

Il s'agit d'un dispositif expérimental pour réaliser des fractures du fémur identiques et standardisées chez le rat (j'en veux pour preuve que toutes ont été réalisées sur le fémur gauche). Cette vision m'a été particulièrement désagréable, tant le dispositif semble implacable et le résultat douloureux. Comble de la froideur impersonnelle, l'opération requiert l'action d'un expérimentateur, qui est ici représenté par une petite flèche! Pour vous rassurer, lachez que les rats étaient anesthésiés au moment de la "procédure" et n'ont pas souffert en vain: cette étude a démontré qu'un anti-inflammatoire utilisé après des opérations ou des traumas pouvait ralentir la guérison d'une fracture, ce qui explique le besoin d'un modèle standardisé.
Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Samedi 21 février 6 21 /02 /Fév 01:24
Voici une petite vidéo qui a déjà fait le tour du web; elle reprend des extraits du fameux discours du président de la république au sujet de la recherche française, tout en intercalant des éléments de réponse proposés par des chercheurs du CNRS.


Tout d'abord, il n'est pas étonnant que ce discours ait littéralement mis le feu aux poudres. Nicolas Sarkozy y exprime au pire un inquiétant mépris du monde de la recherche, au mieux une certaine défiance. Je m'étonne même qu'un animal politique comme lui se soit appliqué à se mettre toute une communauté à dos! Au-delà de la forme insultante, il reste de le fond: les affirmations qu'on y trouve sont spécialement biaisées (on trouvera toujours "certains secteurs" où les chercheurs français sont moins productifs que les anglais, ça arrive et c'est tout, même les anglais ont le droit d'avoir des qualités), voire mensongères (à l'entendre, la recherche française, jamais évaluée, croule sous les moyens depuis un an ou deux).

On a déjà beaucoup écrit en réponse à ce discours du 22 janvier, alors aujourd'hui j'ai plutôt envie de m'intéresser à certains contre-arguments avancés par les scientifiques, ceux que l'on trouve dans la vidéo, mais aussi dans une lettre de directeurs de laboratoires de l'IN2P3 (voir chez Lydie), celle d'une directrice de recherche de l'université Paris XI, ou encore dans le rapport de circonstance (pdf) du mouvement Sauvons la Recherche. Je ne reprendrai pas tout l'argumentaire maintenant bien rôdé des chercheurs, mais uniquement les points qui me font tiquer, ce qui, j'en suis sûr, va m'attirer de nombreuses sympathies.

L'évaluation des chercheurs.

C'est un des points les plus polémiques du discours de NS, qui ne sous-entend pas, mais affirme que les chercheurs ne sont jamais évalués (ou alors qu'ils s'évaluent eux-mêmes). Les chercheurs affirment l'inverse, avec raison d'ailleurs.

A ce sujet, et indépendamment du fondement de l'évaluation des chercheurs, j'ai constaté un travers, qu'au début je qualifiais de "glissement", mais qui maintenant m'horripile (je suis un sensible): les scientifiques considèrent fréquemment la revue par les pairs (peer-review) dans le processus de publication scientifique comme faisant partie de leur évaluation. Rappelons brièvement comment cela fonctionne: lorsque l'on souhaite publier ses résultats de recherche dans une revue scientifique, il faut d'abord soumettre son manuscrit à l'examen de deux ou trois autres chercheurs du domaine qui restent anonymes (c'est d'ailleurs le même principe obtenir des financements de l'ANR ou autre).

Pourquoi n'est-ce pas de l'évaluation? Lorsqu'un article est refusé, même si l'évaluation par les pairs (qui reste entre les auteurs et quelques personnes) est catastrophique, elle n'a aucune conséquence en tant que telle sur la carrière du scientifique. Heureusement, car ce n'est pas sa vocation: la revue par les pairs sert à évaluer un travail de recherche bien défini et sa mise en forme, et non l'ensemble de la recherche d'un scientifique. On pourra mentionner un effet indirect: à force de voir ses articles refusés, on a peu de publications, ce qui est nuisible à la carrière... un raisonnement qui n'est donc valide que s'il existe une autre évaluation où l'on compte effectivement ces publications.

Alors, si les scientifiques pouvaient arrêter avec cette fameuse "évaluation en temps réel", et tant qu'on y est, ne pas mentionner les rapports d'activité de pure forme lorsqu'il est question d'évaluation... ce n'est pas la peine!

Le rang de la France dans la recherche mondiale

C'est l'effet papillon: trois personnes pondent un classement des universités à l'autre bout du monde (Shangaï, pour être précis), en France quelques politiques l'utilisent pour appuyer leurs réformes, provoquant une tempête dans la communauté scientifique. Pour cotnredire Sarkozy qui fait allusion au classement de Shangaï, il convient de saper ce dernier, de diminuer sa portée. Chez SLR, après s'être appuyé sur un classement de l'Ecole des Mines qui place la France au troisième rang mondial, mais fait par les Mines et pour les Mines (et le système français de grandes écoles), avec des "si" on met littéralement Paris en bouteille (du moins le 5ème arrondissement):

Un autre [classement], qui prend en compte la concentration géographique des performances en adoptant comme référentiel la superficie du campus d’Harvard (1ère université dans la plupart de classements), montre qu’en intégrant toutes les universités, écoles, instituts de recherche et laboratoires du quartier latin à Paris sur une même superficie que le campus d’Harvard, la France obtiendrait le 1er rang dans un classement utilisant les mêmes critères que le classement de Shanghai.

Dans mon billet sur le classement de Shangaï, j'écrivais qu'il n'était peut-être pas parfait, mais qu'il pouvait servir d'indicateur et que l'on ne pourrait pas inventer un classement qui soit flatteur pour la France. J'avais tort, soit, mais convenez que celui-ci est un peu capillotracté!

Le même document de SLR déplore également que seule la recherche publiée en anglais soit prise en compte. Jai été un peu surpsis, mais il me semble que pour se situer dans une recherche internationale, donc dès que l'on fait le choix de se placer dans cette logique de classement, il faut bien se soumettre au standard du moment qui est l'anglais. Deal with it.

"L'arbre qui cache la forêt", c'est-à-dire, selon NS, les meilleurs chercheurs (prix Nobel ou Turing, médailles Fields) ou domaines (mathématiques, physiques, sciences de l'ingénieur), qui occulteraient l'état général de la recherche en France.

Dans la lettre en provenance de l'IN2P3, les chercheurs protestent "d'une compétence et d'un dévouement remarquables pour réaliser de grands projets scientifiques qui défient l’imagination", et s'indignent: "quel contraste entre vos propos dégradants et le caractère exceptionnel de leurs réalisations!". C'est vrai qu'après une telle tirade, on ne voit pas comment s'en prendre à d'aussi brillants chercheurs. Quel est le problème? Cette réponse émane de l'IN2P3, un insitut de recherche... en physique, soit un des arbres explicitement nommés par Sarkozy. Comment cette réponse pourrait-elle le toucher?

Dans le même esprit, le rapport SLR s'applique à faire repasser la France devant le Royaume-Uni (une comparaison qui a manifestement rouvert de vieilles blessure et fait couler beaucoup d'encre), et pour ce faire ne considère que le domaine.. de la physique!

Enfin, lorsque la vidéo répond aux attaques sur "la qualité de la recherche française", c'est en utilisant l'exemple... du CNRS, classements flatteurs à l'appui. D'ailleurs, au même moment, on voit le CNRS occuper une glorieuse première place européenne et la quatrième mondiale. Impressionnant, mais sauf erreur de ma part, ce rang concerne soit sa taille, soit sa visibilité sur le web! Quel rapport avec la qualité de la recherche française dans son ensemble? Dans la même image, on apprend qu'en termes de publications il occupe la cinquième place mondiale, ce qui est une manière plus pertinente de classer les instituts. D'accord, ça reste honorable, mais est-ce bien pertinent? le CNRS est l'un des instituts les plus sélectifs en France, il est difficile de l'assimiler à l'ensemble de la recherche française! Le CNRS ne compte-t-il pas au nombre de ces "arbres"?

Bref, rester derrière son arbre ce n'est pas donner tort à Sarkozy. Ce n'est pas un crime d'admettre que la recherche d'un pays peut avoir des points forts, donc des points faibles, mais qui méritent tout de même qu'on les défende (perspective digne de la bible: l'enfant préféré de l'homme sage, c'est celui qui est malade, jusqu'à ce qu'il guérisse).

Pour résumer, j'ai l'impression que comme les réponses à ce discours procèdent d'un sentiment d'offense par ailleurs  justifié, elles s'apparentent parfois à des réactions d'orgueil et ne sont donc pas toujours des plus convaincantes ni des plus objectives, c'est humain! Puisque ces réactions sont motivées par la contradiction de Sarkozy, il n'est pas question de reconnaître l'existence de certains problèmes. Finalement, j'ai peur qu'elles ne brossent un tableau trop optimiste de la recherche et de l'enseignement supérieur en France: une recherche des plus compétitives ("D’autres classements utilisant des critères différents placent la France dans les tout premiers rangs mondiaux", SLR) et des universités parmi les plus attractives au monde ("le rayonnement du système universitaire français assure donc une attractivité mondiale réelle", SLR). Si c'était le cas, au vu des moyens engagés dans l'enseignement supérieur et la recherche, la France bénéficierait non seulement d'un rang très flatteur mais aussi d'une efficacité tout bonnement exceptionnelle; et si c'était le cas, comment convaincre ce même président d'investir dans la recherche de son pays?

Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Vendredi 28 novembre 5 28 /11 /Nov 20:00

Aujourd'hui était une journée de mobilisation pour les chercheurs, avec en particulier l'occupation des locaux dans lesquels devait se réunir le conseil d'administration du CNRS. Le motif de cette action est la réorganisation prochaine du CNRS, qui consiste notamment à le transformer en une holding d'instituts correspondants à ses départements actuels (voir ici ou les évènements de la journée).


Cette proposition de séparer les disciplines du CNRS suscite un premier type d'objection, qui semble parfaitement logique au premier abord: "Si toutes les disciplines ne sont pas logées à la même enseigne, dans un institut national, il sera impossible de travailler ensemble et de faire vivre l'interdisciplinarité", selon le directeur du conseil scientifique du CNRS. Je ne prétends pas en remontrer à ce monsieur, mais sa remarque m'interpelle: en pratique, les recherches menées au CNRS sous sa forme actuelle sont-elles particulièrement interdisciplinaires? Si oui, cela changerait-il à cause du découpage de l'institution en instituts? Quelle différence pour un chercheur CNRS dans une UMR? Pour ma part, je doute que l'interdisciplinarité soit un bon argument: des laboratoires appartenant à des disciplines et des entités administratives différentes peuvent toujours collaborer, comme c'est le cas hors du CNRS (au passage, si l'on veut vraiment promouvoir l'interdisciplinarité, il faut modifier l'enseignement monolithique dispensé à l'université).


Il est également question d'intégrer les équipe du CNRS et de l'INSERM aux universités, écoles, hôpitaux... où elles se trouvent physiquement. Concrètement, on peut prédire que les universités françaises vont remonter au classement de Shangaï, car un chercheur "CNRS" travaillant dans les murs d'une université se déclarera comme affilié à l'université et non au CNRS... mais au prix de la mort scientifique de ce dernier, absent des publications et réduit au rôle d'agence de moyens. En parlant de moyens, il faudra sérieusement réévaluer ceux des entités chargés d'incorporer ces chercheurs si elle doivent assurer leur salaire, sans parler des difficultés administratives: jusque-là, chaque institution possédait son propre système de recrutement, ses propres statuts, carrières et avantages.


Dernier point, plus sensible encore: les directeurs de ces instituts seraient nommés par le ministère, ce qui équivaudrait à un pilotage direct de la recherche scientifique par le politique, et par le moyen le plus simple qui soit: le financement des projets. La recherche scientifique ne doit certainement pas être déconnectée des attentes des citoyens ou de la volonté politique, mais une telle mesure laisse planer la menace d'un pilotage à vue, avec éventuellement des orientations contradictoires tout les cinq ans. Si l'on se rappelle les récentes déclarations démagogiques de Sarah Palin où elle marquait son mépris pour ces chercheurs qui étudiaient la drosophile à Paris, on comprend que les chercheurs s'accrochent à l'indépendance de leurs institutions de tutelle.


Il y a un autre chose qui me chatouille vraiment: la création d'un institut unique pour "les sciences de la vie et de la santé" qui pourrait résulter de la fusion de l'INSERM et du département sciences de la vie du CNRS, et dont la fonction serait uniquement de financer des projets et non pas de gérer la recherche. Il n'est pas très étonnant que cette recommandation émane d'un médecin ancien directeur du NIH, célèbre institut de recherche biomédicale, l'équivalent américain de l'INSERM. Différences notables: le NIH est surtout une agence de moyens, dont le budget a doublé entre 1998 et 2003 (!) pour atteindre à peu près le montant du budget annuel français pour tout l'enseignement supérieur et toute la recherche (!!). Ma grande frayeur (à part vivre dans le tiers-monde de la science), c'est que dans un contexte de faibles moyens, donc avec une enveloppe assez mince pour la recherche fondamentale en Biologie et la recherche médicale, on soit tenté de privilégier cette dernière: plans et grandes causes nationales contre le cancer, alzheimer, le SIDA... Attention, moi aussi je suis contre le cancer et le SIDA (qui est pour?), ça plaît bien sûr aux contribuables, mais il faut aussi des chercheurs qui fassent de la recherche fondamentale en Biologie comme il y en a en Physique, libérés de la tentation de trouver des fonds en faisant de la recherche médicale. Cela dit, il existe aussi une pression qui s'exerce au niveau de la publication: des travaux sont d'autant plus facilement acceptés qu'ils mentionnent une application, en particulier médicale, même tirée par les cheveux. C'est particulièrement flagrant en Microbiologie, peut-être au point de m'avoir traumatisé, et peut-être même ai-je tort de me focaliser sur cette question? Des chercheurs de toutes les disciplines répètent avec raison qu'il faut préserver une recherche fondamentale indépendante (ce qui ne veut pas dire qu'elle n'est pas évaluée), ce qui me paraît encore plus pressant en Biologie, à cause de sa gênante proximité avec la Médecine. Je propose donc la création d'un unique institut pour "les sciences de la vie bien fondamentales qui ne servent à rien, du moins pas tout de suite".


Alors oui, le CNRS est au bord de l'explosion, la décision de sa direction et du gouvernement semble irrévocable, à moins d'un soulèvement significatif. Cela n'était pas a priori une mauvaise chose, les institutions de l'après-guerre ne sont pas nécessairement adaptées au monde d'aujourd'hui. Que le CNRS tel qu'on l'a connu change radicalement, pourquoi pas, la vraie question est de savoir ce qu'il va devenir. Je ne sais pas trop quoi penser: pour 'instant, j'ai le sentiment que l'on poursuit un reflet du "modèle américain" de la recherche sans y mettre des moyens comparables. Par ailleurs le CNRS est devenu trop gros pour disparaître d'un coup, sa réorganisation invite à un pilotage de la recherche, sans parler de cette assimilation des sciences de la vie et de la santé qui m'inquiète. Je vous ai livré quelques réactions à chaud, vos lumières seront les bienvenues!

Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Vendredi 10 octobre 5 10 /10 /Oct 09:00
Commençons par un petit rappel: dans un billet antérieur qui attire toujours nombre d'internautes, je me félicitais de la revalorisation du salaire (et du statut) des doctorants. Ainsi, deux augmentations successives ont porté la rémunération brute mensuelle d'un doctorant moniteur à 1985 euros (contre 1658 euros bruts pour les non-moniteurs). Bien que souhaitable, cette augmentation posait néanmoins le problème de la progression dans les carrières universitaires; en effet, le salaire mensuel brut d'un maître de conférence est de 2069 euros.

Pour mémoire, un maître de conférences est un enseignant chercheur recruté par l'université, dans laquelle enseignement et recherche sont pratiquement indissociables. Un moniteur est un doctorant qui assure des enseignements à l'université (le tiers du service annuel d'un maître de conf' pendant 3 ans), ce qui lui vaut un prime mensuelle; il s'agit donc d'un apprenti enseignant-chercheur. Je vous renvoie à deux billets antérieur pour tout ce qui concerne le cursus des chercheurs, avant et après le doctorat. Vous y constaterez que le chemin pour devenir maître de conf' n'est pas couvert de pétales de roses, et encore, je suis resté positif, je n'ai pas évoqué la récurrence des "pistons" dans le recrutement (sauf peut-être une fois).

Je délire peut-être, mais il me semble que lorsqu'on a plus d'expérience, plus de responsabilités, plus d'heures d'enseignement et pas moins de recherche, quand éventuellement on est passé par un ou deux post-docs avant d'être recruté dans une université, ça mérite mieux qu'un salaire de thésard plus quelques dizaines d'euros. Heureusement, il semble que notre ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche (sans doute une bacterionaute assidue!) ait une mesure dans les cartons, qu'elle a dévoilée dans un entretien au Monde (merci à Stan pour l'information!).

En substance, l'astuce consiste à inclure la thèse dans le calcul d'ancienneté; elle comptera désormais pour deux ans d'expérience professionnelle, et ce quel que soit le temps qu'on y a passé, ce qui d'après moi évitera de trop grandes disparités entre les disciplines. En effet, un mathématicien pourra boucler une thèse en deux ou trois ans, un biologiste ne trois ou quatre, et un sociologue peut passer 8 ans sur sa thèse en même temps qu'il enseigne en lycée. De plus, "toute expérience scientifique ou pédagogique", ce qui concerne donc les post-docs. Si avec un esprit bassement matérialiste on prend nos petites calculettes, à partir de septembre 2009, un maître de conf' fraîchement recruté, focément titulaire d'un doctorat, se verra verser un salaire brut minimum de 2329 euros. D'après Mme Pécresse, "cette mesure a trois vertus: elle reconnaît au doctorat une valeur d'expérience professionnelle, elle augmente l'attractivité des carrières à l'université et enfin elle harmonise la situation des universitaires et des chercheurs".

Au passage, qu'il me soit permis de corriger une petite dérive très fréquente: on peut lire dans l'article que "beaucoup de jeunes doctorants poursuivent leurs études après leur thèse et sont recrutés par les universités en contrat à durée déterminée pour un ou deux ans, avant d'obtenir un poste de maître de conférences." Je suppose que la journaliste parle ici des postes d'ATER ou des post-docs, mais dans tous les cas, ces postes temporaires après la thèse ne sont plus des études, c'est un travail! C'est d'ailleurs le même travail que lorsque la personne est titulaire! Passe encore pour les doctorants, qui sont inscrits à la fac, mais si un chercheur se présente à vous comme "Bac+14" en comptant ses années de post-doc, riez-lui au nez ou demandez-lui quels cours il a suivi.

Pour en revenir à la réforme prévue, il faut lui ajouter une quatrième vertu: elle se plaque sur le système actuel, sans prévoir de changements du nombre de postes ou de réforme du système de recrutement (peut-être prévue par ailleurs). Elle ne change pas les obligations des maîtres de conférences, ni la manière dont ils sont évalués. En effet, ces enseignants chercheurs sont tenus d'assurer des enseignements qui empiètent forcément sur leur activité de recherche; pourquoi pas, si ce n'est que leur évaluation ne porte que sur cette dernière!

Ce point m'amène au deuxième volet de la réforme, à savoir la création d'un statut privilégié pour "jeunes chercheurs prometteurs", équivalent au statut des maîtres de conférences mais avec une charge d'enseignement divisée par trois. Cette "chaire université/organisme de recherche", valable pour 5 ans et renouvelable une fois, s'accompagne d'une dotation de recherche et d'une prime salariale; 130 de ces postes seront proposés chaque année... "proposés" et non pas créés, ces postes censés rapprocher université et instituts devront bien être pris quelque part...


Voilà donc un billet assez éloigné des hautes sphères de la science, plutôt orienté vers l'actualité, mais que je me devais d'écrire. En effet, le projet de réforme dont il est question ici répond précisément aux attentes que j'avais formulées précédemment, et ne sera pas sans impact sur le monde de la recherche... mais un impact positif ou négatif? S'il participe à la revalorisation du métier de chercheur, il peut aussi  susciter des jalousies, mécontenter ceux qui attendent impatiemment des créations de postes, ou pourquoi pas opposer universités et instituts, les deux composantes de notre bon vieux "système français"... A suivre!
Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Jeudi 9 octobre 4 09 /10 /Oct 12:30
Je suis rentré pour constater que la récompense allait à Osamu Shimomura, Martin Chalfie et Roger Tsien pour la découverte et le développement de la GFP (Green Fluorescent Protein).

Je sais que ce n'est pas normal, mais j'ai été très content de l'apprendre! D'abord, et ce n'est pas la première fois, le prix Nobel de Chimie rejaillit un peu dans le domaine de la Biologie. En effet, la GFP est une protéine, donc obligatoirement produite par des êtres vivants. Ensuite, la GFP, c'est un peu ma compagne de route depuis toutes ces années, et un outil pratiquement incontournable pour les biologistes moléculaires et cellulaires. J'ai déjà eu l'occasion de souligner que le Nobel pouvait récompenser des découvertes fondamentales (comme cette année en physique), des travaux ayant vocation à être appliqués, voire même la découverte de nouvelles méthodes et de nouveaux outils. Si la mise au point de la PCR, la technique permettant d'inactiver des gènes chez la souris ont été récompensées d'un Nobel, la GFP mérite amplement le sien.

Mais qu'est-ce que la GFP au juste? Comme l'acronyme l'indique, c'est une protéine fluorescente, c'est--dire qu'elle émet une lumière (verte, en l'occurrence) lorsqu'elle est excitée par une lumière de plus haute énergie (par exemple de la lumière bleue). La GFP n'est pas produite par n'importe quel organisme, elle a été isolée chez une méduse, Aequorea victoria, par Shimomura. Ce dernier cherchait à purifier l'aequorine, qui émet spontanément une lumière bleue (on parlerait plutôt de luminescence que de fluorescence), et remarqua que dans ses extraits une protéine pouvait donner à l'ensemble une couleur verte: la GFP! Chez la méduse, l'aequorine émet donc une lumière bleue qui est partiellement convertie en lumière verte par la GFP. Si vous voulez plus de détails sur cette protéine, je vous conseille cette revue de... Tsien, qui déjà en 1998 écrivait: "in just three years, the green fluorescent protein (GFP) from the jellyfish Aequorea victoria has vaulted from obscurity to become one of the most widely studied and exploited proteins in biochemistry and cell biology".

Aequorea victoria

Que voulait-il dire? C'est vrai, que peut-on bien faire d'une protéine fluorescente? Tout d'abord, on peut s'en servir pour "marquer" des cellules. Par exemple, il existe des variantes bleue (CFP) et jaune (YFP) construites par mutation du gène de la GFP originale. On peut alors suivre au microscope des bactéries marquées par ces différentes couleurs même après les avoir mélangées (ou suivre une cellule d'un type particulier dans un organisme pluricellulaire). Ensuite, on peut placer le gène de la GFP derrière un promoteur ou un gène dont on ne connaît pas la régulation. Lorsque l'on a trouvé des conditions telles que le gène "s'allume", la bactérie (ou la cellule) exprime aussi la GFP, et s'allume... en vert. Enfin, on peut fusionner un gène d'intérêt codant pour une protéine AbcD et le gène de la GFP de telle sorte qu'il code pour une seule proétine chimérique, AbcD-GFP. En observant la fluorescence, on observe du même coup la localisation de la protéine que l'on étudie! Bien sûr, cette liste n'est pas exhaustive, les applications de la GFP sont légion.

Si j'essaie de reconstituer à la va-vite les contributions des lauréats, le mérite de la découverte revient à Shimomura, il semble que Chalfie soit parvenu à exprimer le gène de la GFP dans d'autres organismes (comme le nématode, parce qu'on ne serait pas allé loin avec un outil uniquement applicable à une méduse), tandis que Tsien a caractérisé biochimiquement la GFP et les mécanismes de sa fluorescence. Vous l'aurez compris, je salue bien bas les lauréats, et me félicite de la cohérence de ce prix qui cette fois-ci récompense une seule découverte.

Un vieux truc avec des bactéries GFP et RFP
Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Lundi 6 octobre 1 06 /10 /Oct 11:30
Dans quelques minutes, nous connaîtrons le(s) lauréat(s) du prix Nobel 2008 en Physiologie/Médecine. Avant de découvrir si Tom Roud s'est planté ou s'il a eu une chance insolente, je vous propose un bref regard en arrière.

Dans cette catégorie, le prix Nobel a récemment récompensé la découverte du rôle joué par une bactérie (Helicobacter pylori) dans l'ulcère gastrique (2005), la découverte des ARN interférents, même en oubliant les végétalistes (2006) et enfin pour la mise au point de la technique permettant d'inactiver des gènes chez la souris (2007), mais attention à ne pas se laisser embarquer par la mention des "cellules souches", qui ici n'ont rien à voir avec celles qui, selon Tom, auraient pu valoir le Nobel à Yamanaka. On constate que ces dernières années le prix Nobel de Médecine a récompensé des avancées plutôt fondamentales en Biologie, qui ont certes une portée médicale (l'apoptose, les ARN interférents), mais qui peuvent aussi bien être à l'origine d'outils prometteurs (IRM, souris KO...)... mais on me dit dans mon oreillette qu'il est déjà 11h30!

Les lauréats du prix Nobel 2008 de Physiologie ou Médecine sont...

-Harald Zur Hausen, qui remporte la moitié du prix pour ses travaux sur le papillomavirus à l'origine des cancers du col de l'utérus (chez la femme, donc). Je connaissais le virus, mais pas le chercheur, ce sera l'occasion de le découvrir.

-Françoise Barré-Sinoussi et Luc Montagnier, qui se partagent l'autre moitié grâce à leur découverte du VIH.

Je vous livre donc mes réactions à chaud: comme souvent pour les prix Nobel, les découvertes récompensées sont méritantes et ne datent pas d'hier (1983 pour le VIH). Celles-ci sont particulièrement connues du grand public, on peut même dire que dans les domaines de la médecine et de la santé publique, on en entend parler tous les jours! Ceci me permet de souligner que les découvertes récompensées sont plutôt du domaine de la médecine que de la physiologie, comme ce fut le cas en 2005... et c'est aussi de la Microbiologie!

Ce lundi la France a déjà 50% des prix Nobel 2008! Wouhou! De plus, ce prix tranche une vieille controverse: l'équipe française aurait bien devancé l'équipe américaine qui pouvait prétendre à la découverte du VIH, en tous cas le prestige n'est pas partagé. J'arrête avec le chauvinisme, mais on est parti pour deux semaines de rétrospectives, d'autosatifaction et de controverses résugentes dans les journaux.

Je en voudrais pas faire mon rabat-joie, mais il y a quand même une ombre au tableau : quel est le rapport entre les deux découvertes? Le seul point commun des deux virus cités est d'être des virus humains, voire, en tirant un peu par les cheveux, des virus pouvant occasionner des cancers, directement pour le papillomavirus, indirectement pour le VIH (tels le sarcome de Kaposi, gentiment appelé le "cancer gay"). Bref, comme souvent, attribuer des morceaux de Nobel permet de satisfaire plus de gens chaque année!

Enfin, la touche webbeuse et amusante, les pages wikipedia de ces scientifiques (en lien sur leurs noms) ont été actualisées dans les 5 minutes qui ont suivi l'attribution du prix... Attendez-vous à ce qu'elles soient étoffées sous peu!

Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Mercredi 6 août 3 06 /08 /Août 14:19
Dans quelques jours sera officialisé le fameux "classement Shangaï", un classement mondial des universités sur des critères académiques, dont on peut déjà avoir un aperçu ici, et qui suscite d'abondants commentaires. Survolons rapidement les résultats de ce classement, où, comme d'habitude:
-Harvard domine de la tête et des épaules, tandis que sur la côte Ouest, les éternelles rivales Stanford et Berkeley se tirent la bourre sur le podium.
-Cambridge et Oxford sont dans le top 10 (respectivement à la 4ème et à la 10ème places), et les seules à le disputer aux établissements américains.
-La France fait bien piètre figure dans le top 100, où 3 universités figurent: Paris VI (42ème aex.), Paris XI (49ème), et l’Ecole Normale Supérieure (73ème), dont pourtant chacun sait qu’elle n’est pas une université. La France se placerait donc au 7ème rang mondial, laissant sa 6ème place de 2007 à la Suède.

Enfin, comme d'habitude, dès qu’il est connu en France, ce classement s’attire fréquemment les mêmes critiques, de la part des universitaires comme des politiques (notamment de la FAGE, qu'on entend beaucoup sur le sujet): il avantage trop les universités anglo-saxonnes, privilégie la recherche au lieu de la pédagogie, ne prend en compte que les publications anglophones, ignore les différences de budget entre les établissements, etc. Alors, critiques fondées ou râleries « à la française » ?

Tout d'abord, reconnaissons que le classement Shangai ne convient pas aux universités françaises. En effet, en France, la recherche est l'apanage d'instituts hérités de l'après-guerre (CNRS, INSERM, CEA, INRA...), alors que dans l'enseignement supérieur les meilleurs étudiants préfèrent s'orienter vers les prépas et grandes écoles (vous pouvez ne pas être d'accord, mais c'est un avis que partagent bien des maîtres de conférence, soit des enseignants de l'université), grandes écoles qui sont (malheureusement?) trop peu tournées vers la recherche. Contrairement aux établissements anglo-saxons, les universités françaises ne sont donc ni le top de la recherche, ni le top de l'enseignement dans leur pays (bien qu'elles soient les seules à faire les deux à grande échelle), alors comment l'être au niveau mondial?

Les critères du classement reflètent bien cette différence de conception: ils avantagent les universités dont les étudiants et les chercheurs ont reçu des grandes récompenses (médailles Fields, prix Nobel), ont publié dans les plus grandes revues scientifiques (Nature et Science only), comptabilise le nombre total d'articles publiés dans des revues internationales, le nombre de chercheurs abondamment cités... le tout un peu pondéré par le nombre de personnels académiques de l'établissement. On voit que cela n'avantage pas nos universités bien françaises, mais pouvez-vous me citer un critère qui permettrait de souligner leur excellence? Ha oui, la FAGE suggère de prendre en compte les moyens financiers des universités pour effectuer un meilleur classement. Avec des frais d'inscription par étudiant inférieurs à son forfait de téléphone portable, des budgets de misère et des personnels non payés, c'est certain qu'on est les champions du monde libre. La FAGE, encore elle, soutient que ce classement ne permet pas de juger de "la pertinence pédagogique et scientifique des universités françaises", ce gardant bien d'expliciter ce qu'est cette pertinence! Encore une fois, je ne vois pas de critère pédagogique ou scientifique qui permettrait à nos établissements de tirer leur épingle du jeu. Non, la seule explication est que le classement Shangaï ne peut être flatteur que pour des universités qui sont au centre de l'enseignement supérieur et de la recherche, ce qui n'est pas le cas en France.

Dernière critique, peut être la plus absurde: la "prédominance des publications anglophones" dans ce classement. Il faudrait sans doute rappeler que la recherche est par essence une activité mondialisée, ce qui justifie au passage l'existence de classements mondiaux, surtout depuis qu'enseignants, étudiants et chercheurs voyagent. Une langue s'est donc imposée dans le domaine scientifique, et cette langue c'est l'anglais. Oui, le monde est cruel, les scientifiques doivent lire et écrire en anglais. On devrait pourtant s’en réjouir, parce que tout de même l’anglais c’est beaucoup plus facile que le latin qui a longtemps été en usage, ou que le chinois, qui pourrait l'être un jour. Je ne sais même pas pourquoi je discute, publier en anglais c'est la règle du jeu, et s'y soustraire est un aveu d'échec.

Pour ma part, je tiendrais le classement Shangaï pour un classement de prestige plutôt que de qualité intrinsèque, et encore, un prestige qui serait plutôt perçu par un public assez large, qui n'aurait connaissance que des prix Nobel, des Nature et des Science, et une vague idée du reste. J’ai donc trois questions rhétoriques à vous poser en guise de conclusion :
-est-il possible d'établir un classement mondial objectif, quantifié, qui satisferait tous les pays avec leurs propres définitions de l'université, un classement qui rendrait compte de la qualité pédagogique et scientifique des universités et non de leur prestige?
-Quand bien même, prestige et performance sont-ils totalement décorrélés?
-Veut-on en France des universités mondialement prestigieuses? Si oui, peut-on faire les mauvais perdants et disqualifier aussi facilement le classement Shangaï?

On peut toujours faire un classement européen, ce qui est d'ailleurs prévu par nos ministres, classement qui se limitera bientôt à l'Europe continentale, puis on pourrait établir un classement francophone, ensuite un classement français... bref, fermer les yeux et serrer les poings en imaginant très fort qu'on est les meilleurs. Comme dit en substance Valérie Pécresse, ces classements ne sont pas parfaits, mais ils existent, et dans aucun d'entre eux la France n'occupe une position qui permettrait de se reposer sur les lauriers de la "pertinence pédagogique" ou de "l'excellence de la recherche".
Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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Mercredi 2 avril 3 02 /04 /Avr 23:00
Comme nous l’avons vu il y a quelques temps, il n’est pas rare que les chercheurs se prennent eux-mêmes comme sujet d’étude, soit en tant qu’individus, soit en tant que communauté. Ce qui suit constitue un exemple de plus, un chercheur s’est attaché à montrer la corrélation (négative) entre la consommation de bière de ses pairs et leur productivité scientifique. Ceci n’est pas un poisson d’avril.

L’article
dont j’aimerais vous entretenir aujourd’hui a été publié en janvier dans la revue scientifique Oïkos, normalement consacrée à l’écologie (oïkos est la racine grecque du mot "écologie"), et l’auteur, Tomas Grim, écologue de son état, étudie normalement le comportement des oiseaux. Cette fois-ci, il s’est intéressé à une autre espèce aux mœurs étranges, les chercheurs, et à la question fondamentale qui les concerne: pourquoi certains chercheurs ont-ils du succès, et d’autres non? Comme vous le savez d’après ces billets, le succès d’un chercheur est considéré équivalent au nombre de ses publications, pondéré par le nombre de leurs citations dans d’autres travaux ; il y a donc des chercheurs qui publient beaucoup, et d’autres moins. Les raisons en sont triviales et multiples : le talent, le travail et la chance figurent en bonne place. Tomas Grim s’est lui intéressé à un paramètre négligé, la vie sociale des chercheurs, et en particulier à une composante fondamentale de celle-ci, bien connue pour ses effets sur les capacités cognitives: la consommation d’alcool, qui en Europe est principalement la consommation de bière.

'fait soif

En 2002, Tomas Grim a donc contacté 18 de ses collègues travaillant sur le comportement des oiseaux et résidant en République Tchèque. Il leur a demandé de chiffrer leur consommation de bière, et en parallèle a compilé le nombre de leurs publications et le nombre de citations s’y rapportant. La même enquête a été répétée en 2006, la base de données de Grim passant de 18 à 34 personnes (il faut croire que la République Tchèque a connu un boom de l’ornithologie). Les résultats sont assez clairs, selon l’auteur: il existe une corrélation négative entre la consommation de bière et le succès scientifique, évalué par les publications. Cet effet ne concerne pas que les plus gros buveurs, le nombre de publications  diminue de  manière continue avec la consommation de bière.

Ce résultat (dérangeant) entraîne fatalement plusieurs remarques, que je vous livre en vrac.

Tout d’abord, j’aimerais bien que quelqu’un de compétent en statistiques se penche sur l’article, pour m’éclairer sur la puissance des tests, la représentativité de l’échantillon, le tout en l’absence des données brutes. En attendant, ce résultat me paraît tout à fait crédible et honnête; par défaut, je fais confiance à l’auteur, aux referees et aux p-values. D'un autre côté, toute personne ayant fréquenté un labo peut citer un nom de scientifique méritant et qui ne refuse pas un petit apéritif quand l'occasion se présente (parfois au laboratoire!).

Les chercheurs sous-estiment-ils leur consommation? Sont-ils timides, modestes ou honteux? Dans le graphique principal "nombre de publications en fonction de la consommation de bière", cette dernière donnée n'a pas les bonnes unités. Si l'on se fie au graphe, les chercheurs consommeraient entre 2 et 6 litres de bière par an (peu crédible...), alors que d'autres informations dans le texte suggèrent plutôt quelques dizaines de litres (voire une médiane à 200 litres par an pour la région de la Bohême)!

On peut regretter que l'étude elle-même ne concerne que la consommation de bière, alors que le point de départ de l'auteur était la vie sociale. C'était probablement trop de travail de chiffrer et d'analyser la vie sociale de dizaines de chercheurs pour quelqu'un qui a tout de même un "vrai" travail à côté. Le titre de l'article "a possible role of social activity to explain differences in publication output..." en devient trompeur.

Ensuite, comme pour toute corrélation, on peut se demander de quel côté se trouve la causalité. Les gros buveurs publient-ils moins parce qu’ils boivent, ou les mauvais chercheurs ont-ils tendance à noyer leur chagrin dans la bière? Après tout, l'échec professionnel et la consommation d'alcool ont des effets l'un sur l'autre, à chaque fois bien documentés. Affaire à suivre!

Pour l’auteur, s’être limité à un seul pays et une seule discipline constitue un atout : en éthologie, on a tendance à privilégier l’étude d’une seule espèce, d’une population homogène. Il reconnaît néanmoins (et vous l’approuverez sûrement) qu’il puisse exister de grandes différences culturelles selon les pays. Ainsi, la République Tchèque entretient une relation privilégiée avec la bière: c’est tout de même le pays où l’on consomme le plus de bière au monde (plus de 150 litres par personne et par an)! Ses résultats sont-ils transposables aux autres pays, aux autres boissons et aux autres disciplines? La science est-elle soluble dans le vin, mais pas dans la bière?

Pour finir, je trouve intéressante, rigolote mais un peu vaine cette recherche des raisons du succès des scientifiques. Le talent et la chance y jouent probablement un grand rôle, mais sont difficilement mesurables. La démarche qui consiste à rechercher d’autres paramètres explicatifs secondaires me rappelle celle de l’ivrogne qui cherche ses clefs sous un lampadaire, car c’est le seul endroit où il a une chance de les trouver.

Rendons tout de même hommage à Tomas Grim, qui a avoué au New York Times que lui-même était un consommateur de bière (assez performant d’ailleurs), et que malgré ses découvertes il ne se sentait pas prêt à y renoncer, ni ne s'engagerait dans une campagne "plus de science et moins de bière". Car il aime ça. Sans parler de l'Euro 2008 qui arrive à grands pas, compétition pour laquelle la république Tchèque est favorite, d'après... une banque suisse, UBS.

Par Benjamin - Publié dans : Le monde de la recherche
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