Bacterioblog

Lundi 29 mai 2006
Cher et hypothétique lecteur, bonjour!

Voici mes premiers pas dans la blogosphère ; finalement, ce n'est pas très difficile, il suffit d'appuyer sur une touche puis l'autre.

 Pourquoi ai-je créé le bacterioblog? Entre autres pour pouvoir partager un peu de ma passion pour les bactéries, qui sont suivant les cas dangereuses (le côté que tout le monde leur connaît),  instructives (le côté que tous les biologistes leur connaissent), mais aussi  et surtout mystérieuses, utiles voire indispensables, et même amusantes. Au fil des articles, ce blog s'élargira à la Microbiologie, abordera l'autre thématique chère à mon coeur, l'Evolution, ou encore des sujets entre science et société (cette dernière motivation est née de quelques expériences dont je reparlerai très certainement).

Malgré ce que le titre -pompeux- de la page peut faire croire, je n'ai pas la prétention de faire un cours de bactériologie, mais si d'aventure je sème un tant soit peu de connaissance ou même de curiosité, tant mieux. J'en viendrai probablement à exprimer des opinions personnelles, non pas des vérités absolues ; cependant, tant que je parlerai de science, je m'efforcerai de citer des sources sérieuses (publications scientifiques dans des journaux spécialisés et reconnus) et d'argumenter avec logique. Les commentaires seront donc les bienvenus, y compris les plus virulents (mes préférés!).
Par Benjamin
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Mercredi 26 juillet 2006
Pour ma plus grande surprise, vous êtes chaque jour une poignée d'explorateurs du net à vous aventurer sur le bacterioblog. Pour satisfaire ma curiosité, je vous prie instamment d'écrire vos commentaires sur le blog, éventuellement qui vous êtes et comment vous avez atterri ici, surtout si nous ne nous connaissons pas... Vous pouvez aussi me contacter.
Par Benjamin
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Mercredi 6 septembre 2006
Aujourd'hui, j'ai envie de partager un fragment de connaissance complètement inutile, mais qui m'a souvent tarabusté : il est une interjection anglo-saxonne que nous employons tous les jours, "OK", souvent sans connaître la signification de ces initiales. Il y a peu de temps, par une conjonction astrale favorable, je me suis posé la question avec un dictionnaire à portée de la main.

Je vous le donne en mille, "OK" est l'abréviation de l'Américain "Oll Korrect", pour 'tout est correct", sans surprise excepté l'orthographe. A ce propos, le Larousse signale une "orthographe fautive pour All Correct", probablement à des fins de compréhension phonétique. Mon explication est beaucoup plus simple : jusque dans les expressions qu'ils exportent
(facile) à 6 milliards de personnes, les Américains sont incapable de faire les choses  "All Correct".
Par Benjamin
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Lundi 11 septembre 2006
L'article traitant de l'etymologie de "OK" a suscité nombre de réactions, verbales ou webesques. Ainsi, Robert (un lien avec le dictionnaire?), propose un verlan de "Knock Out" dans son commentaire. Chacun a apparemment son idée, car deux amis m'ont depuis confié leurs versions :
-une abréviation de "Zero Killed" ou "0 Killed", qui marquerait le succès d'une opération militaire ou encore d'une sortie de classe en aval d'un barrage hydroélectrique.
-l'histoire d'un chef de gare américain nommé à peu près Oliver Kahn qui utilisait ses initiales O.K. pour signifier aux trains qu'ils pouvaient démarrer.

Tant pour la source que pour la vraisemblance, je m'en tiendrai à la version du Larousse ("Oll Korrect"), mais je me pose la question : est-il possible de modifier la vérité? comment avoir une source fiable sur une telle étymologie? Avec une version assez crédible, pourrait-on influencer un dictionnaire?

Malheureusement, la probabilité qu'un doctorant en interjections anglo-saxonnes réponde sur ce blog est la même que la probabilité de collision de trois avions  en plein ciel.
Par Benjamin
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Mercredi 13 septembre 2006
Un colloque "biodépollution et environnement : savoir et savoir-faire" se tenait à l'Institut Pasteur hier et aujourd'hui, soit les 12 et 13 Septembre. Le sujet m'intéresse au plus haut point, car j'aime l'idée que les bactéries soit notre levier pour (bio)remédier à nos grosses bêtises, comme dans les exemples de l'article sur Deinococcus.

Si un bacterionaute* a assisté à ce colloque, en a eu des échos, ou simplement a des informations sur ce sujet, qu'il n'hésite pas à nous en faire profiter.

Merci!

* D'après le Larousse, contraction des mots "bacterioblog" et "internaute" ; internaute visitant le bacterioblog.
Par Benjamin
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Mercredi 20 septembre 2006
... je publie sur le bacterioblog un petit message personnel: toutes mes félicitations à Claire et Emmanuel pour leur mariage, qui fut une belle réussite et qui, j'en suis sûr, le restera. Encore bravo pour l'organisation et le coup de vieux asséné à nous tous.
Merci à Matthias pour la photo (très jolie).
Par Benjamin
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Vendredi 29 septembre 2006
Tonnent les basses, résonnent les cymbales, tempêtent les trompettes...

Laissez-moi partager avec vous, chers bactérionautes, une intense satisfaction : aujourd'hui, au laboratoire, j'ai obtenu un résultat qui valide les hypothèses que j'ai faites depuis un an maintenant, qui donne un sens à ma thèse, donc qui donne un sens à ma vie. Malheureusement, ce résultat est non seulement confidentiel, mais aussi incompréhensible et sans aucun intérêt.Je vous dirai seulement qu'un certain gène ne fait pas ce que tout le monde (du moins le monde intéressé) pensait qu'il faisait, mais autre chose, que mon respecté directeur de thèse puis moi-même avons imaginé, et qu'il n'a révélé qu'à moi. Je sais, présenté comme ça, ça a l'air excitant.

Il reste que je suis plutôt content. Dans un prochain article, je vous livrerai une arcane obscure de la Microbiologie, ou comment devenir un microbiologiste d'élite.


Pour fêter ma bonne humeur, une petite blague sur l'interdisciplinarité, adaptée de Michel Morange, estimé professeur dont je lis l'Histoire de la Biologie Moléculaire ces temps-ci :
Quand un biochimiste rencontre un chimiste, il lui parle de Biologie ;
Quand un biochimiste rencontre un biologiste, il lui parle de Chimie ;
Quand un biochimiste rencontre un biochimiste, il lui parle de... voitures.
 
Une autre blague alors? Attention, c'est de l'humour sophistiqué :
Un masoschiste dit à un sadique :
"Fais-moi mal!"
Le sadique esquisse un sourire et répond :
"Non."

edit : mon très estimé chef (puissent les divinités de la microbio le tenir en leur sainte garde) m'a un peu refroidi en me faisant remarquer qu'il pouvait s'agir d'un artefact expérimental. Grmbl! De toutes façons, il faudra confirmer, affiner, répéter et compléter avant même d'esquisser la moindre intention d'écrire...
Par Benjamin
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Mercredi 25 octobre 2006
C'est vraiment beaucoup dire et c'est un grand mystère pour moi, mais le très francophone Bacterioblog est lu sur les cinq continents. Salut à tous! Je vais de ce pas déboucher une bouteille de LB pour fêter ça.


J'en profite pour saluer mon comité de lecture /soutien /consulting : un grand merci donc à Eugénie, Louis, Emmanuel, et bien sûr, last but not least, Federico, à qui nous devons la magnifique bactérie qui orne cette page (si vous préférez, magnifique avant que je ne la mette en couleurs).

Par Benjamin
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Mardi 31 octobre 2006
Dans un précédent billet, j'avais évoqué l'avancement de mes modestes travaux ; j'ai depuis raffiné mes résultats et mon (très estimé) chef est passé du "attention, c'est sans doute un artefact" à "voilà un très bel artefact" pour finir avec "finalement, ce n'est peut être pas un artefact". Je remercie sincèrement tous ceux qui m'ont exprimé de la sympathie (c'est-à-dire étymologiquement qu'ils ont souffert avec moi) et qui ont manifesté de l'intérêt pour ce fameux résultat (je dis "manifesté" car je doute que ça puisse intéresser qui que ce soit). je vous rassure, la publi est encore loin.

Ceci n'est pas un artefact :
(Je ne vais tout de même pas vous donner mes résultats sur un plateau! J'ai enlevé l'essentiel, mais il reste une belle image)
Par Benjamin
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Mardi 5 décembre 2006

Que croyez-vous que l'on raconte aux colloques de la Society for Developmental Biology? Probablement des tas de choses relativement (c'est-à-dire peu) passionnantes sur les oursins, les xénopes, les souris, et surtout les gènes qui gouvernent leur développement. Et puis il y a le reste, comme ces chercheurs qui ont entonné au meeting de Stanford cette chanson qui vante les mérite de l'ARN messager (mRNA en VO). A chanter fort dans le labo, en blouse blanche et sur l'air de "YMCA", succès garanti (débrouillez-vous pour faire les lettres avec vos bras) ; pas bégueule, je vous donne le texte :

Student! I was once in your shoes;
Got no staining
On my Coomassie Blues,
All my training
Was just paying my dues;
I could not get good data,

Then, someone
Said: Persulfate won’t do
And the Lowry’s
Should be flushed down the loo.
They smell flowery,
But they will not get you.
Any answers;
So study the

M-R-N-A
(yes, we study the)
M-R-N-A
It comes straight from the gene,
It can make a protein,
It’s the code that connects
The whole cellular machine!

Then I
Got the data galore,
Got new answers,
With each gel that I pour;
With enhancers,
I can even get more.
And I churn
Out the papers.

So student,
If your work has been slowed,
Skip the protein
And go straight for the code.
Do in situs
On a fly, mouse, or toad.
Get respect
When you study the

M-R-N-A.
(Study the)
M-R-N-A.
It can run on a gel,
And it blots really well.
It’s the way that you get
Your next paper in Cell.

M-R-N-A.
M-R-N-A.
M-R-N-A
M-R-N-A......

Et merci à Faustine pour l'information! Vous pourrez trouvez d'autres chansons ici, sur le génome et les histones (dans le même esprit, j'aime beaucoup la critique de la déclaration d'indépendance de Jefferson traitée comme un article scientifique). Vous pouvez aussi défendre la chanson française et en écrire d'autre (je sais pas moi, "la Bio-Mol" sur l'air de la Bohême par exemple ; et si quelqu'un a le fameux texte écrit pour une certaine école sur l'air de la mauvaise réputation, je prends).

Par Benjamin
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