Bacterioblog

Samedi 2 octobre 6 02 /10 /Oct 18:00
Chers lecteurs, 

la bactérioblog déménage et sera désormais visible à cette adresse :


(qui jusque là contenait une redirection vers la présente page). En termes de microbiologie, disons que ce blog se disperse et s'en va fonder une colonie dans une niche plus favorable.

Les billets antérieurs seront progressivement dupliqués sur cette nouvelle adresse, mais ils resteront ici avec leurs trésors de commentaires. Je vous recommande donc de mettre à jour vos marques-page ou votre agrégateur RSS préféré avec ce nouveau flux.

Si vous voulez connaître la raison de cette migration, sachez qu'Over-Blog m'a rendu de fiers services pendant quatre ans, pas toujours à plein régime, je vous l'accorde, et je le conseille vivement à qui voudrait créer un blog gratuitement, sans pub et sans s'embarrasser de considérations techniques. Mais en vrac, j'en ai assez de la petite barre over-blog qui me suit de site en site, de l'administration qui ne me laisse plus télécharger de nouvelles images, du flux RSS tronqué...

Maintenant, si quelque chose ne marche pas, je serai le principal responsable. Mais grâce à mon hébergement maison et à Wordpress, je peux enfin modifier mon design à volonté, ajouter des extensions variées, implémenter un système de tags (enfin!), et peut-être proposer quelques à-côtés en marge du blog.

J'espère vous retrouver là-bas
Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Jeudi 1 janvier 4 01 /01 /Jan 18:00
Chers lecteurs,

C'est déjà la troisième fois que je vous adresse mes voeux pour l'année à venir sur ce blog, ce qui ne rajeunit personne. Je vous souhaite donc de passer une année 2009 au moins 1% plus heureuse que 2008 (au diable la récession!), de publier de nombreux articles et de réussir vos manips (ou l'équivalent pour les non-chercheurs), et sur un plan plus personnel, d'avoir plus de Bacteroidetes que de Firmicutes, et pas du tout de Neisseria. Avant de retourner à nos moutons, voyons brièvement ce que nous pourrons suivre ensemble en 2009.

Darwin

L'année 2009 sera Darwin ou ne sera pas. A moins d'avoir passé 2008 dans un caisson cryogénique, vous savez que les biologistes du monde entier vont célébrer la même année le 200ème anniversaire de Darwin , né 12 février 1809, et le 150ème de son ouvrage majeur, l'origine des espèces, paru le 24 novembre 1859. Blogueurs, journaux et revues scientfiques vont s'en donner à coeur joie, dire qu'il faudra tout lire et tout trier...

La crise

Même si on peut légitimement en avoir assez, la crise financière fut sans conteste l'un des grands évènements de 2008. On pourrait passer 2009 à recenser ses effets non seulement sur l'immobilier ou l'automobile, mais aussi sur la politique énergétique (avec un pétrole à 40 dollars!)... ou encore le monde de la science. Les grandes universités ont déjà perdu beaucoup d'argent à cause de la crise financière, comme Harvard qui a gelé les embauches de professeurs... les temps sont durs!

Les réformes

L'année 2009 pourrait bien être l'occasion de passer la loi sur l'autonomie des universités au révélateur: 20 universités sur 85 appliquent la loi LRU depuis.. aujourd'hui. Nous reparlerons très certainement de l'avenir du CNRS et du projet d'institut de Sciences de la Vie. Et tant qu'on y est, on pourra aussi être attentif à la réforme du lycée, qui est pour l'instant au point mort, mais qui devra bien être menée à bien un jour et représente une menance latente pour l'enseignement de la Biologie.

Le bacterioblog

De mon côté, 2009 s'annonce riche en changements brutaux (oui oui, un changement peut être brutal et plannifié), qui ne peuvent pas ne pas avoir d'impact sur ce blog, nous verrons bien lequel. Peut-être est-ce le moment de prendre quelques bonnes résolutions, comme moins vous négliger, 1280 par 1024, publier plus souvent, finir les séries de billet en cours, écrire mieux... Ha, et mon petit doigt me dit aussi que le monde des blogs de science va bouger un peu cette année.

Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Mardi 25 novembre 2 25 /11 /Nov 18:48

A quoi bon avoir un blog si on n'y parle pas un peu de soi-même? Voici in extenso une interview donnée à Over-Blog pour des raisons assez obscures. L'exercice s'est avéré assez (com)plaisant, et ce qui en est sorti peut présenter quelque intérêt: c'était une occasion d'attirer l'attention sur les blogs de science en général et le C@fé des sciences en particulier, d'exposer mes motivations et mon point de vue sur le blog. Je sais ce que vous pensez: je vous recopie le texte ici, comme ça je n'aurais pas à tout réécrire de manière différente. Je suis donc paresseux, ou égocentrique, ou les deux. Mais pas seulement: c'est aussi l'occasion de prendre du recul par rapport à la pratique des blogs de science, d'analyser ce qui se trouve derrière les questions et les réponses. Je vous laisse donc mes réflexions en vert, tout en résistant à la tentation de changer mes réponses.


Bonjour Benjamin,

1/ À première vue, on pense que vous êtes un scientifique qui s’exprime sur la toile. Parlez-nous de vous en quelques phrases…

Il y a un peu de ça : je suis en fin de thèse de sciences, c’est-à-dire qu'après des études bien trop longues, je gagne maintenant ma vie en faisant de la recherche scientifique, ce qui fait de moi un (jeune) chercheur. Depuis déjà quelques années, j'enseigne aussi un petit peu dans le supérieur.

Je pèche sans doute par ogueil,mais pour moi un thésard est un chercheur, même s'il a une carte d'étudiant. J'ai bien regardé autour de moi, et je n'ai pas vu en quoi le travail que l'on fait en thèse (ou le gagne-pain) change une fois que l'on a son doctorat en poche.


2/ Vous parlez de bactéries, de sciences, de recherche, d’évolution… Ce sont des sujets sérieux et pourtant vous les traitez toujours avec une pointe d’humour. Pourquoi ?

On arrive à quelque chose d'intéressant, une remarque qui émerge chaque fois que l'on parle de blogs de science: la science, ça doit être sérieux. Cliché certes compréhensible, la science c'est un truc de premier de la classe, qui contraste non seulement avec ma perception, mais aussi avec ce que je vois du monde de la recherche: beaucoup de chercheurs ne se prennent pas au sérieux, essaient de s'amuser avec leur sujet et en parlent couramment sur un ton léger. Attention, il existe des scientifiques pour qui la science doit être sérieuse (ce qui confère quelque vérité au cliché susmentionné): peu de temps avant, j'avais entendu un vieux chercheur (prototype du vieux c...hercheur) ressasser que la "vraie" science, ce n'était pas pour s'amuser, que c'était sérieux, qu'il n'y avait pas dix "vrais" scientifiques dans le monde (mais il avait une bonne opinion de lui quand même)... sur le coup, j'ai fulminé, bien sûr, et le deuxième paragraphe lui est dédicacé.

Il doit y avoir deux raisons au ton plutôt léger que j'adopte, peut-être d'une part ma propension naturelle à la dérision, et surtout mon histoire personnelle : je traite de ces sujets parce qu'ils m'ont étonné, amusé, passionné… En un mot, dans ces domaines, je prenais du plaisir à apprendre, un plaisir qui ne se communique pas si le texte n’est pas un tant soit peu vivant. Enfin, lorsqu’un blog est ennuyeux à la lecture comme à l’écriture, il est peut-être temps d’arrêter…

Mais j'y pense, pourquoi ces sujets devraient-ils être sérieux? À mon avis, les quelques scientifiques pour qui la science doit toujours être grave, sérieuse, compliquée, la rendent tout bonnement inabordable et entretiennent ce cliché selon lequel la science a quelque chose d’idéal, d’inhumain. De mon point de vue, ce n’est « que » de la science, faite et racontée par des hommes (et des femmes) et non de la religion ! Il n’y a donc aucun blasphème à traiter le sujet un peu légèrement.


3/ Un blog qui parle des bactéries, ce n’est pas banal… Pourquoi avoir fait un blog de vos réflexions ?

C'est sûr que les bactéries ça change des chatons, des photos de vacances et d'Obama...

Bizarrement, j'ai créé ce blog alors que je finissais à regrets un cycle d'enseignement qui s'était révélé très enrichissant. On peut dire que pour compenser ce manque à venir, j'ai cherché à transmettre d'une autre façon, et le blog est un format qui s’y prête bien.

Véridique, peut-être même que mes anciennes victimes lisent ces lignes! Il y a aussi une autre raison: à la même époque, je me suis scandalisé de toutes les bêtises qui se racontaient sur la toile. Alors, je me suis dit: "et pourquoi ne pas raconter mes bêtises à moi?"

Le choix des bactéries n'est pas mystérieux, puisque la bactériologie est ma discipline de prédilection. Mais elle n'est pas si mal choisie : on ne s'en rend pas compte à l'oeil nu, mais les bactéries se cachent derrière de nombreux phénomènes.  Par exemple, les bactéries font fonctionner la biosphère, elles expliquent la prétendue toxicité des nitrates, elles peuvent être à l'origine de terribles maladies comme nous rendre d’inestimables services... elles sont même plus nombreuses dans notre propre corps que nos cellules! Pourtant, l’importance des bactéries est souvent jugée à l’aune de leur taille : insignifiante. Lorsque ce blog parle des bactéries, ce qui effectivement n'est pas banal, c’est donc une très petite tentative pour rétablir l’équilibre.


4/ En lisant votre blog, on apprend beaucoup de choses et de façon très variée. Comment choisissez-vous vos sujets d’articles ?

Les sujets que je traite sont avant tout des sujets qui m'intéressent (voire, parfois, qui n'intéressent que moi...). Un blog, c'est toujours un peu égocentrique, non? Parfois, mes sujets sont dictés par l'actualité (les OGM, la politique de la recherche), par la publication de travaux scientifiques, parfois même par la discussion qui naît dans les commentaires. Le plus souvent, je cède à l’inspiration du moment ou j'utilise une idée que j'avais mise de côté depuis longtemps. Ce n'est pas une méthode que je conseille, j'ai un tas d'une centaine de brouillons dont je ne viendrai jamais à bout et qui continue de grossir.

Véridique aussi. J'ai oublié de mentionner l'importante part du hasard dans le choix des sujets, et aussi qu'ils n'étaient probablement plus les mêmes qu'au début (moins d'évolution, par exemple, et c'est triste). Comme les motivations, les sujets abordés évoluent avec le temps: l'auteur du blog prend en compte ce qu'il a déjà écrit, son lectorat, il peut attendre autre chose de son blog (formaliser ses propres réflexions, vulgariser ses connaissances, rechercher l'échange ou même la polémique... ou encore "s'exercer à la curiosité").

Je regrette beaucoup que les études scientifiques tendent à à faire de nous des super-spécialistes d'un seul champ de connaissances, dédaigneux de tous les autres. D'une certaine manière, ce blog est aussi un moyen pour moi de m'exercer à la curiosité, à l'ouverture d'esprit. Comme ça représente tout de même beaucoup de travail, j'espère que ça fonctionne!

5/ A votre avis, qui sont vos lecteurs ? Monsieur tout-le-monde ou d’autres passionnés de sciences ?

Le plus grand mystère de tous: mais qui est-ce que ce blog intéresse? je l'ai déduit des liens entrants, du contenu des commentaires et des requêtes google menant ici, mais c'est à vous de me le dire... Il y a aussi un point qui me tarabuste: le nombre de commentaires sur ce blog est assez peu important (même compte tenu d'un nombre de visiteurs qui n'est pas pléthorique).

Il me semble que mon lectorat régulier est composé de scientifiques, ou plutôt d'amateurs de science : enseignants, chercheurs, et surtout étudiants (ou anciens étudiants) du supérieur. Ensuite, il y a ceux que j'appellerais les « internautes », qui ont suivi un lien qui a pu les intriguer, qui sont attirés par le caractère insolite de certains billets, par exemple. Enfin, si j'en crois les requêtes google qui mènent à ce blog, beaucoup de lecteurs viennent chercher la réponse à une question bien précise (combien mesure une bactérie ? qui a découvert le premier vaccin ?), soit pour eux-mêmes, soit pour les besoins d'un exposé scolaire, je suppose... Dans l'ensemble, les « bacterionautes » sont donc  très diversifiés, mais ils ont un point commun : la curiosité.

6/ Votre article sur Einstein et les abeilles a suscité des réactions intéressantes auprès de vos lecteurs. Vous en avez même écrit un deuxième à ce sujet. Pourquoi relancer le débat ?

Haaaa, Einstein et les abeilles, de loin mon plus gros succès! dire que je n'ai rien fait pour, c'est assez vexant! Bien malgré moi, il surfe sur la vague des polémiques dans le domaine de l'environnement. Tout ce qui m'intéressait, c'était qu'on ait mis une assertion assez improbable dans la bouche d'Einstein pour des motifs politiques, au sens large, et qu'elle se soit à ce point répandue dans la culture populaire.

En général, les articles les plus lus ne sont pas les plus approfondis, mais plutôt ceux où j'ai voulu raconter une histoire amusante, une anecdote, une expérience insolite... C'est pourquoi je ressens parfois le besoin d'y revenir, de passer une deuxième couche. Dans le cas de cette citation apocryphe d'Einstein, après l'article original (pour lequel je n'espérais pas tant d'audience), j'ai d'abord improvisé un petit concours de fausses citations de scientifiques, c'était plutôt rigolo. Des mois plus tard, je suis tombé sur un livre dont le bandeau reprenait la fameuse citation, l'attribuant à Einstein, alors que la quatrième de couverture précisait que c'était probablement à tort! Voilà qui m'a paru illustrer l'amalgame que l’on fait couramment entre l'importance d'une cause (la survie des abeilles) et les moyens qu'on se donne pour la défendre (de fausses citations), procédé que je signalais dans mon premier article, qui m'a valu des critiques assez sévères...


7/ J’ai remarqué que vous étiez membre du Café des Sciences qui réunit les meilleurs blogs scientifiques de la blogosphère francophone. Pouvez-vous nous en parler un peu plus ?

Bien vu! Puisque l'on parle des motivations des blogueurs, on peut citer "faire partie d'une communauté". C'est mon cas, je ne peux pas promettre que j'aurais continué à bloguer sans le c@fé.

La C@fé des sciences est né fin 2006, quand des blogueurs « de science », qui se connaissaient sans se connaître puisqu'ils se lisaient les uns les autres, ont décidé de se réunir en une petite communauté informelle. Concrètement, les articles publiés par tous les membres du C@fé sont aggrégés sur une même page web (http://www.cafe-sciences.org), accompagnés de quelques billets « inédits » écrits par des non-blogueurs, le tout couvrant des disciplines variées et volontiers mélangées : biologie, maths, physique, évolution, et même de la sociologie des sciences. Mais avant tout,  c'est la communauté des individus eux-mêmes qui est importante : nous correspondons intensivement, nous écrivons des billets à quatre mains ou plus, nous participons à des ateliers sur l'internet scientifique ou les blogs de science... Nous comptons maintenant une quinzaine de « C@fetiers », et avons même suscité quelques vocations de blogueurs!

8/ Avez-vous déjà pensé à faire un livre de vos articles et réflexions, à la façon du « livre des pourquoi » par exemple ?

Ci-dessous, "l'idée m'a déjà effleuré" = "j'en meurs d'envie", mais comme je l'ai écrit, si dans un monde parallèle je devais écrire un livre, si j'en étais capable, ce serait très différent de ce blog... certainement plus construit, plus académique dans la structure et le niveau de détail, mais avec le même ton.

L'idée m'a déjà effleuré, mais écrire un livre, c'est un projet ambitieux qui représente énormément de travail, et avec des contraintes qui n’ont plus rien à voir avec la souplesse d’un blog... De plus, je me vois mal compiler le contenu actuel de mon blog, je préfèrerais approfondir encore plus les sujets que j'y traite. Mais c'est promis, quand j'aurais du temps et du recul, je m'attellerai à mon projet de livre, « le monde merveilleux des bactéries », qui criera à la face ébahie du monde que les bactéries ne sont ni si insignifiantes, ni si nuisibles, ni si ennuyeuses qu'on ne le croit!

9/ Un mot pour la fin…

Coulrophobie. Parce que j'aime bien ce mot, il a une sonorité cocasse, j'en ai même fait un billet (http://bacterioblog.over-blog.com/article-16969915.html).

Plus sérieusement, je voudrais ajouter que le bacterioblog n’est qu’un blog de science parmi d’autres. Bien sûr, le c@fé des sciences (http://www.cafe-sciences.org) en rassemble un certain nombre, mais on peut également en visiter de très grande qualité, dont certains sont tout près de nous, sur Over-Blog. Je pourrais citer le blog de Claude Rivière (www.claude.over-blog.com) qui fait un gros travail de veille scientifique, celui d’Alexandre Moatti (www.maths-et-physique.net) ou « science pour tous » (www.science-for-everyone.over-blog.com) qui font de la vulgarisation à tous les niveaux, Iceblog (www.iceblog.over-blog.com) qui traite du changement climatique, et bien d’autres encore.

Merci beaucoup Benjamin, très bonne continuation pour votre blog et vos projets !
Merci!

Voilà, c'est tout. Si j'en crois les résultats de la chaîne "Why Blog?", les motivations des blogueurs (de science) sont multiples:

1) Travailler pour soi, utiliser le blog pour formaliser ses idées ou se forcer à la curiosité. C'est un peu ce que je fais à chaque analyse d'article (qui ne relève que très rarement de mon domaine), ou, dans mon jeune temps, lorsque je rédigeais de petits argumentaires sur l'évolution

2) Transmettre un savoir. Je n'ai pas la prétention de faire de la vulgarisation très propre, ce n'est pas mon métier, et chaque fois je m'adresse à un public différent. Néanmoins, transmettre quelque chose, c'est une préoccupation constante, que ce soit un élément de connaissance, s'attaquer à une idée reçue ou partager son étonnement devant une observation. Après tout, ce blog trouve son origine dans l'enseignement.

3) Créer sa "niche" (au sens écologique) sur le web: intégrer une communauté, acquérir un statut auprès des lecteurs. Comme je l'ai déjà dit plus haut, c'est aussi mon cas, en particulier avec le c@fé des sciences. De plus, il faut reconnaître que l'intérêt des blogs réside dans l'interaction active avec le lecteur, notamment grâce aux commentaires. C'est une des raisons d'être du bacterioquizz.

4) Le plaisir, évidemment, qui diffuse dans tous ces aspects. Je doute qu'il existe un seul blogueur de science qui fasse cela sous la contrainte.

5) L'agent et les femmes (voir 4))

En somme, les raisons pour lesquelles je blogue n'ont rien de très original. Ce qui change d'un blogueur à l'autre, ce sont les proportions qu'elles prennent, et leur évolution au cours du temps, dans laquelle les lecteurs jouent un grand rôle.

Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Vendredi 21 novembre 5 21 /11 /Nov 21:37

Dans la mythologie grecque, Protée (ci-dessous) est une divinité marine qui possède entre autres facultés le pouvoir de changer de forme. Son nom, déjà radicalisé en latin, est à l'origine de notre "protéiforme", adjectif équivalent à "polymorphe". On trouve également "protean" en dans la langue de J. K. Rowling (heu, je voulais dire de Shakespeare), ainsi le "Protean Charm" qui permet à Hermione de fabriquer des pièces de monnaie dont l'aspect peut changer. Si l'on préfère s'en tenir à Sakespeare, qui convient mieux dans les salons, on rappellera qu'il a donné le nom de Protée à l'un des deux gentilshommes de Vérone. Celui-ci ne se métamorphose pas, mais comme il jure un amour éternel à une première dame, s'efforce d'en séduire une seconde tout en trahissant son ami, on subodore que son nom lui vient de l'inconstance de ses sentiments.


Il aurait été surprenant que ce "Protée", si utilisé dans le langage courant et en littérature, ne contamine pas la biologie. Effectivement, Linné a nommé un genre de plantes Protea, en raison de sa diversité de formes. Dans le règne animal,on trouve le protée Proteus anguinus, un étrange petit amphibien cavernicole, qui n'a aucune propriété de métamorphose, bien au contraire: on peut dire qu'il passe sa vie avec les apparences du stade larvaire, d'ailleurs peu séduisantes:


Alors forcément, lorsque les chimistes du XIXème siècle identifient une classe de molécules qui à composition identique sont pourtant très différentes, il n'est pas étonnant qu'ils les aient nommées "protéines"... C'est tellement logique que c'en est faux: le terme aurait bien été créé en 1838 par Jöns Jakob Berzelius, un chimiste suédois, mais trouverait sa racine dans le mot grec "proteios" signifiant "premier" plutôt que dans le nom de la divinité. C'est du moins l'avis partagé par les biochimistes.


Enfin, parce que dans ces billets traitant d'étymologie je m'efforce toujours de retomber sur les bactéries,  sachez qu'il existe un genre bactérien Proteus, dont l'espèce la plus admirabe est -pléonasme- P. mirabilis, pathogène opportuniste causant notamment des infections urinaires. Mieux, le phylum auquel appartient ce genre est celui des Protéobactéries, appelé ainsi en raison de la grande diversité des bactéries qu'il renferme, bien que celles-ci soient proches d'un point de vue phylogénétique. Jugez plutôt: on y trouve des bactéries du sol, comme Pseudomonas, des pathogènes ou des symbiotes intracellulaires, comme les genre Rickettsia, Rhizobium ou même nos petites mitochondries, des pathogènes aussi célèbres que ceux de l'ulcère gastrique, de la peste et du choléra, les entérobactéries qui peuplent notre tube digestif, dont, bien sûr, notre très chère Escherichia coli.



Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Lundi 6 octobre 1 06 /10 /Oct 08:59
Chers lecteurs,

après de longues semaines d'absence (j'ai beaucoup de raisons mais pas vraiment d'excuse), je reviens! Ce fut d'ailleurs un plaisir de constater que la fréquentation de ce blog s'est maintenue, même sans nouvelles publications, c'est à se demander pourquoi je recommence... Bon alors, que s'est-il passé pendant tout ce temps?
-Usain Bolt a renversé le monde du sprint, peut-être le premier cas avéré de dopage aux nuggets.
-Une crise financière a commencé, peut-être la plus grave depuis 1945, peut être pas. Vous trouverez ici la meilleure (et la plus drôle) explication de la crise des subprimes qui a amorcé la chose, et ici un document qui permet d'évaluer 'impact de la crise sur le monde académique.
-Mon chef est au courant que je tiens un blog (coucou chef!), ce qui m'a amené à repenser le billet "comment choisir un bon directeur de thèse?" qui traîne dans mes cartons.

... c'est à peu près tout ce qui me vient à l'esprit, je ne me suis toujours pas mis à jour de l'actualité scientifique.

Pour la suite, je voyais bien une petite série de billets sur les prix Nobel 2008, évidemment sur quelques articles qui ont été publiés dans mon dos, ainsi que du bacterioquizz à thème. Il y a aussi une réforme pas piquée des hannetons qui s'annonce du côté du lycée, et vu la place qu'elle laisse à la biologie, je devrais en parler sous peu.

A très bientôt!

Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Jeudi 24 juillet 4 24 /07 /Juil 08:22
A la suite de mon premier billet avec de l'étymologie dedans, je vous propose d'explorer aujourd'hui le lien entre la colère, le cholestérol et le choléra. Celui-ci ne saute pas tout de suite aux yeux... peut-on imaginer que le choléra ait été perçu comme une manifestation de la colère des dieux? Et le cholestérol alors? une manifestation de la colère de vos artères? Je vous le donne en mille, le point commun entre ces trois mots est... la bile. On a beau torturer ces mots dans tous les sens, impossible d'y retrouver la racine (latine) du mot "bile", c'est assez déroutant. L'explication sera sans doute plus satisfaisante si l'on se rappelle que le vieux mot français pour "bile" est "cole", ou "chole", en provenance directe du grec "chole" (χολή) signifiant "bile". Voilà qui nous impose un tout petit rappel sur la bile: il s'agit d'un liquide jaune-vert de pH basique, sécrété par le foie, stocké dans la vésicule biliaire, libéré dans l'intestin à l'occasion des repas, et qui permet en particulier de digérer les graisses.

Mais qu'est-ce qui relie cette secrétion digestive avec l'émotion qu'est la colère? La bonne vieille théorie des humeurs! Selon cette théorie antique, le corps humain comme les émotions étaient gouvernés par quatre humeurs: le sang, la lymphe, la bile noire (ou atrabile, purement hypothétique), et enfin la bile que nous connaissons bien. A chaque "humeur" on associait un organe, un élément, une saison, une curieuse combinaison de température et d'humidité, et surtout un tempérament. La bile, en provenance de la vésicule biliaire, était ainsi une humeur chaude et sèche, rattachée à l'été et à l'élément du feu, et impliquée dans les tempéraments irritables. Très logiquement, l'adjectif désignant une personne particulièrement gouvernée par sa bile était "cholérique", et l'émotion due à l'échauffement de cette bile devint la "colère"!


L'étymologie du mot "cholestérol" ne pose pas de problème particulier; de conception moderne, il signifie "solide de la bile". En effet, cette molécule a été isolée pour la première fois en 1769 par François Poulletier de la Salle, à partir de bile et se présentant sous forme solide. Elle fut donc baptisée "cholestrine" par Eugène Chevreul en 1815, tout naturellement. J'imagine que le nom de cholestérol est une modification ultérieure visant à accorder le nom de la molécule à la fonction chimique alcool qu'elle porte (voir ce billet où je parle des cholestérols). La même racine "chole-" est aussi présente dans "choline", mot qui désigne une molécule que l'on retrouve dans la bile où elle est nécessaire à l'émulsion des graisses, dans les membranes cellulaires sous forme de phosphatidylcholine, ou dans un rôle de neurotransmetteur entre nos neurones, une fois transformée en acétylcholine.

L'origine de "choléra" se perd dans la nuit des temps, c'est-à-dire qu'on le trouve écrit tel quel chez Hippocrate (donc autour de -400 av. JC). Au contraire du mot "cholestérol", on ne sait donc pas ce qu'avait dans la tête celui qui a écrit "choléra" pour la première fois. Selon une des hypothèses avancées, celle qui colle le mieux avec ce que je viens de raconter, "choléra" serait  composé de chole- (χολή, bile) et -rhein (ῥεἵν, s'écouler, comme dans "rhume"; "logorrhée" ou "diarrhée"...). Le choléra aurait donc été pour les grecs anciens un "écoulement de bile", ce qui n'est pas tout à fait sans rapport avec les symptômes de la maladie, caractérisée par de très, très abondantes diarhhées. Tout cela est ravissant. Néanmoins, sans rentrer dans les détails, l'écoulement dont il s'agit n'est pas exactement un écoulement de bile. Certains (à commencer par Littré) préfèrent donc l'explication selon laquelle "choléra" viendrait d'un mot grec signifiant "gouttière". Je ne suis pas complètement convaincu par cette explication, cette traduction n'apparaissant pas dans les dictionnaires de grec ancien et moderne, est étant inconnue de ma collègue Grecque du labo... Quoiqu'il en soit, dans cette interprétation comme dans la précédente, le mot "gouttière" est censé être en rapport avec les symptômes du choléra. J'espère que vous saisissez la puissance de la métaphore... bienvenue dans le monde poétique et fleuri de la bactériologie infectieuse!


Bien sûr, le choléra a donné son nom à la bactérie qui en est la cause, Vibrio cholerae (vibrion du choléra, également décrit sous le joli nom de bacille virgule), et à la toxine produite par celle-ci, la "toxine cholérique"... qui pourtant n'est pas plus irascible qu'une autre.
Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Lundi 12 mai 1 12 /05 /Mai 16:03
Je commence là une petite série dont je ne sais pas encore si elle dépassera les deux épisodes, mais l'étymologie m'amuse beaucoup et je souhaitais partager quelques découvertes Wikipediesques qui ont fait mon émerveillement, et ne sont pas toujours sans rapport avec la microbiologie, comme on le verra.

En latin, l'adjectif varius n'a pas pour traduction première "varié", mais plutôt "tacheté" ou "bigarré" ou encore "moucheté". Il signifie donc varié, mais dans l'apparance plutôt que d'une manière générale ou abstraite. Quels mots la langue française possède-t-elle, qui auraient hérité de ce sens particulier qui désigne la variation dans l'aspect?

On retrouve varius dans le mot "vairon" (après un passage par le mot "vair"), qui désigne un cas particulier d'hétérochromie, à savoir posséder deux yeux de couleurs différentes.  Dans la fiction Fortune de France, le valet Miroul possède cette particularité, signe, selon le maître d'armes Giacomi, "d'une grande agilité et d'adresse", ce que je n'ai jamais vérifié, tant, les yeux vairons sont rares parmi les humains. On retrouve plus fréquemment les yeux vairons chez les chiens et chats, et comme il n'est pas de bon blog sans photo de chat, je vous en livre une pour illustrer mon propos, passablement mignonne pourvu que l'on surmonte la surprise liée au contraste entre les deux yeux.


En français, le mot vairon possède un autre usage qui ne vous est pas non plus inconnu: après avoir désigné au XIIème siècle n'importe quel "poisson tacheté", il désigne désormais plus spécifiquement un petit poisson d'eau douce, Phoxinus phoxinus, aux écailles bigarrées qui lui valent son nom, et par ailleurs assez facile à pécher et à cuire en friture, pourvu que l'on en maîtrise la cuisson. En latin, le nom varius désigne la truite, probablement à cause des taches de ses flancs. On a ici un bel exemple de convergence étymologique (si l'on peut l'appeler ainsi), le même mot signifiant "tacheté" finissant par désigner dans deux langues apparentées deux poissons qui ne le sont pas.

Enfin, et j'en arrive à la microbiologie, varius, qui signifie "tacheté", est à l'origine du mot "variole" , cette dernière, également appelée "petite vérole", étant une maladie due à un virus qui laisse le visage da'bord moucheté d'abord de petites lésions, ensuite grêlé de cicatrices, lorsqu'on a la chance d'y survivre. Si cette explication ne vous suffit pas et que vous avez le coeur bien accroché, vous pouvez vous rendre sur cette page de Wikipedia pour y constater que la variole mérite bien son étymologie (mais plus dans le tacheté que dans le bigarré). Or, la variole n'est pas n'importe quelle maladie, pour les microbiologistes, elle est tout un symbole: alors qu'elle fut longtemps un fléau redouté, en particulier pour les enfants, elle donna lieu à la découverte du premier vaccin par Edward Jenner en 1796, avant d'être éradiquée dans la seconde moitié du XXème siècle.
Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Vendredi 11 avril 5 11 /04 /Avr 13:15
... mais ne s'élargit pas. Le c@fé des sciences reste svelte. Comme vous avez pu le voir sur votre agrégateur préféré, nous avons le plaisir d'accueillir deux nouveaux blogs de science dans notre petite communauté, autour des sciences et les indispensables mathématiques et physiques.

Le blog autour des sciences a la particularité d'être coécrit par un étudiant en sciences (Benjamin) et un journaliste (Jonathan). A la citation d'Albert Jacquard mise en exergue, "la science n'est nullement réservée à quelques esprits supérieurement doués", on devine que ce blog privilégie la vulgarisation scientifique. Ce qu'on ne devine pas, c'est qu'il traite (avec humour) de disciplines aussi diverse que la biologie, l'astrophysique, les sciences de la matière... avec une préférence pour l'actualité scientifique, les applications technologiques, les problématiques médicales et environnementales. Je vous signale ma petite sélection de billets, où l'on lit comment faire pleuvoir juste avant les J.O. de Pékin, de la bonne vulgarisation sur les ondes électromagnétiques et leurs dangers, mais j'ai une sympathie particulière pour la plante (OGM) qui détecte les mines... et pour le billet qui parle à la fois de microbes et de créationnisme (j'ai failli me pâmer).
 
Alexandre Moatti, dans son blog des les indispensables mathématiques et physiques nous parle bien sûr de... mathématiques et de physique. On peut commencer par des considérations plutôt théoriques, poursuivre avec des billets de vulgarisation saupoudrés d'histoire des sciences en maths comme en physique, enchaîner avec quelques paradoxes... Voilà qui pourrait paraître très académique, mais ne vous inquiétez pas: le ton est léger, le texte digeste, et on a la liberté de se plonger dans les arcanes des numéros INSEE, d'apprendre pourquoi le ciel est bleu, ce que les matheux ont à dire sur Facebook, quels sont les maths derrière un tour de magie, ou de s'attaquer aux traditionnels jeux mathématiques! On peut également noter la qualité des participations des lecteurs, qui justifie à elle seule la tenue d'un blog.

Bienvenue à nos trois nouveaux blogueurs, et bonne lecture à tous!


Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Lundi 31 mars 1 31 /03 /Mars 16:00
Voilà déjà quatre semaines que je n'ai pas publié le moindre billet, le ski expliquant 25% de cet abandon éhonté (je n'essaierai même pas de justifier les 75% restants par des excuses futiles comme le travail). A mon retour, deux constats s'imposent: 1) j'ai été "taggé", selon une coutume ancestrale des blogueurs (vieille d'au moins 12 mois) et 2) mon blog n'a plus vraiment besoin de moi pour vivre: ces quatre dernières semaines, il a accueilli à peu près autant de visites quotidiennes que lorsque mon rythme de publication était plus soutenu; de même, de nouveaux commentaires surviennent régulièrement, y compris sur des billets anciens.

J'ai ainsi été tagué par Béné et Xochipilli (ce dernier a eu la fourberie de l'assortir d'un compliment pour que je ne puisse refuser), m'imposant de révéler "six choses insignifiantes que vous ne savez pas sur moi". Je m'y colle donc, bien que j'admette difficilement qu'il y ait des choses insignifiantes à mon sujet.
1) Je n'ai pas de deuxième prénom.
2) Pendant dix-huit mois, j'ai baladé dans mon tibia une barre d'acier inox de trente centimètres (avec ses deux vis du même métal, de la belle ouvrage). Cette cocasserie (peut-être combinée à certains traits de caractère) m'a valu des plaisants surnoms, comme "Captain Inox" ou "R2D2".
3) Depuis que j'ai 10 ans, mon roman préféré reste "l'île mystérieuse" de Jules Verne, qui revisite le thème de Robinson Crusoe, mais dont les personnages vont beaucoup plus loin, car armés de toute la science et de  toute l'ingéniosité de l'ère industrielle.
4) Je saigne facilement du nez, et mon groupe sanguin est B+ (insignifiant, hein?)
5) Je suis un grand amateur de viande. Mon meilleur souvenir en la matière reste un filet de boeuf en croûte avec sa sauce au foie gras et aux morilles (entre autres), dont la recette s'est malheureusement perdue dans la nuit des temps.
6) J'ai l'âge de mon joueur de foot préféré du moment (et la même taille, mais pas le même talent). Comme à son poste on bénéficie d'une des plus importantes longévités du métier, ça m'aidera à me sentir jeune pendant encore quelques années.

La "tradition" impose que je transmette cette chaîne à mon tour (voir le règlement plus bas). C'est malheureusement impossible, tous les blogueurs de ma connaissance ayant déjà été tagués... mon blog est donc une sorte d'impasse évolutive pour ce mème! Pour des considérations "généalogeeks" au sujet de ces tags, allez donc voir chez Tom Roud.

Règlement:
-Mettre le lien de la personne qui vous tag
-Mettre les règlements sur votre blog
-Mentionner six choses/habitudes/tics non importants sur vous-même
-Taguer six personne à la fin de votre billet en mettant leurs liens
-Aller avertir directement sur leurs blogs les personnes taguées

Maintenant que je suis de retour en affaires, je vais pouvoir m'attaquer à la deuxième partie du programme: recommencer à publier et répondre aux commentaires.

Pour ne pas décrédibiliser mes billets suivants, je préviens qu'il n'y aura pas de poisson d'avril sur ce blog.
Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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Dimanche 3 février 7 03 /02 /Fév 12:58
Pour ce billet léger du dimanche, je vous propose le récit de ma semaine, et plus particulièrement de mon premier sevrage caféinesque (non définitif, heureusement).

Jour 0 : lundi fut une journée quelque peu éprouvante, et comme il est d'usage dans la profession, caféinée au-delà du raisonnable. Après avoir bu expresso sur expresso pendant toute la journée, j'ai pu observer les conséquences de ce régime sur mon organisme: rythme cardiaque élevé, surexcitation, teint gris puisque le café avait fini par remplacer le sang dans tout mon corps et se réfugier dans les poches sous mes yeux... J'en étais au point d'éprouver l'envie d'une petite tasse de plus, tasse qui avait pour effet de m'apaiser, comme si elle comblait une sensation de manque. Même si la caféine a des effets tout à fait inattendus, je ne me hasarderai pas à faire le bilan toxicologique/addictologique de cette journée, il devait y avoir une grande part de psychologie et de fatigue. Avoir l'impression de tenir debout uniquement grâce à la pression hydrostatique du café dans mes veines me suffit. Le soir même, je décide "juste pour voir" d'arrêter le café pendant une semaine.

Jour 1 : journée de laboratoire ordinaire. C'est plus dur que je pensais. Je ne crois pas avoir éprouvé une sensation de manque physique, mais l'habitude est une seconde nature. Le café fait partie des rituels quotidiens au laboratoire : il y a le petit café de 10h, quand on a lancé ses manips et qu'on s'octroie cinq minutes pour relever ses mails. Il y a bien sûr le café post-prandial, après le déjeuner. Sans oublier le petit café "coup de pouce" quand on éprouve le passage à vide de 16h. Il est d'autant plus difficile d'echapper à ses habitudes que tout le monde autour de vous les partage... Je commence à apprécier ce qu'on appelle la "dépendance psychologique" pour les fumeurs: ce qui me manque, c'est le geste, l'habitude de me faire mon petit expresso. Autre observation intéressante : je suis mou toute la journée.

Jour 2 : journée de formation, qui comprend deux pauses pendant lesquelles tout le monde prend un café machine, sauf moi. Le midi, restaurant italien: au moment du café, je ressens ce que doit éprouver un fumeur quand tout le monde autour de lui allume une cigarette à la même seconde. Ce café-là sent bon, il est bien chaud et bien serré... pas de doute, les italiens savent s'y prendre... arrière, Satan! Il n'y a peut-être aucun rapport, mais épuisé, je me couche tôt (21h30), ce qui ne m'arrive jamais sans raison valable.

Jour 3 : Forcément, en se couchant tôt, on se lève tôt. Pas de copieux petit déjeuner pour tuer le temps (une tentation de moins), caar une prise de sang m'attendait ce matin-là. Une prise de sang? Oui! Un contrôle de routine est organisé pour les gens comme moi dont le métier est de mélanger des microorganismes infectieux avec des poisons violents. Mais ne vous inquiétez pas, j'ai une santé de Deinococcus. Que faire alors? Dernier recours, aller au labo! Là encore, me lever très tôt et aller au labo très tôt ne sont pas des choses que je ferais spontanément, en-dehors de toute contrainte... La prise de sang finit par arriver, je peux alors m'offrir un petit-déjeuner. A la boulangerie du coin, j'achète deux sablés nature fort appétissants. Voilà qui sera parfait avec un caf... rhaaa!

Jour 4 : je me lève à une heure plus raisonnable. J'évite les pièges classiques du laboratoire. Il n'y a aucune frustration en moi, je reste calme. Si calme qu'on pourrait me trouver somnolent.

Jour 5 : ma cafetière m'a parlé!

Jour 6 : c'est le week-end. Je suis seul chez moi, j'ai du boulot, mais je tiens bon. Le thé ça ne compte pas.

Mon récit s'arrête ici, sinon ce ne serait plus un billet-léger-du-dimanche. Il vous faudra me faire confiance pour m'abstenir une journée encore. Détail cocasse, cette journée sera à peu près l'équivalent du lundi précédent, une sorte de test ultime. En supposant que tout se passe bien demain et en attendant avec impatience mon premier café de mardi, je peux tirer quelques conclusions de cette expérience : les habitudes (éventuellement collectives) sont bien plus contraignantes que je ne l'imaginais, surtout au moment de m'en affranchir, mais une semaine sans café dans le monde de la recherche, c'est possible! Heureusement qu'il reste l'autre, le c@fé des sciences, pour occuper la pause de 10h...
Par Benjamin - Publié dans : Bacterioblog
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