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Le blog des Bactéries et de l'Evolution

Le processus de publication scientifique

17 Septembre 2007 , Rédigé par Benjamin Publié dans #Le monde de la recherche

Dans deux billets où je racontais  les étapes permettant de devenir chercheur, j'avais lourdement insisté sur l'importance des publications, des "papiers".  Lourdement oui, mais à juste titre,  car ces articles parus dans des revues internationales à comité de lecture (ou "peer-reviewed") sont la seule mesure de la qualité d'un chercheur, et ce tout au lond de sa carrière. Le nombre des papiers compte, bien sûr, mais aussi le prestige des revues dans lesquelles ils sortent.

Prenons un exemple simple, comme un thésard. Sa journée est remplie d'expériences diverses, de "manips", et certains de ses résultats le conduisent à une troublante découverte: le gène truC est impliqué dans la voie de signalisation MasH-1. Incroyable! Il en fait aussitôt part à son directeur de thèse, qui va le renvoyer dans ses vingt-deux mètres d'un "oui, c'est intéressant, mais on va quand même commencer par vérifier, des fois que ce serait un artefact"... Et par "on", le directeur de thèse veut dire: "tu". Pendant des mois, le thésard va donc confirmer sa découverte par plusieurs moyens indépendants lorsque c'est possible, répéter les expériences, éclaircir le mode d'action du produit du gène truC, la protéine TruC, en démontrant qu'elle active la voie MasH-1 en se liant à un complexe, un dimère de Dopamine-Uridine-Leucine-Ethylamine (oui, le fameux complexe bi-DULE). Lorsque l'ensemble des résultats et de leurs interprétations constitue une histoire cohérente qui accroît significativement notre connaissance de la voie MasH-1, le chef du projet (en l'occurrence le directeur de thèse) prend la décision de publier.

Avant même de commencer la rédaction, il faut choisir le journal auquel on va soumettre l'article, et ce pour une raison simple: ce choix va influer sur la rédaction.
Or, il est inutile de perdre du temps à soumettre un article pauvre en résultats à Science, et il est assez déconseillé de dévaloriser ses travaux en publiant dans le Quaterly Journal of Finnish Microbiology. Le temps est précieux: la rédaction occupe quelques mois à temps partiel, la réponse du journal quelques semaines, un délai pendant lequel des concurrents peuvent publier la même chose, ou pendant lequel un des auteurs aimerait bien se faire valoir d'une publication supplémentaire devant un jury de thèse ou de recrutement. Un bon chercheur doit donc bien évaluer les probabilités de voir son papier accepté dans une revue donnée, et ce afin de bien choisir son journal cible .

Deuxième préambule indispensable à la rédaction, définir l'ordre des auteurs. En effet, les auteurs des articles sont cités dans un ordre chargé de sens: le premier nom est celui qui a le plus travaillé sur les expériences, le dernier est le responsable du projet. Le deuxième est donc un collaborateur qui a fait un peu moins de manips, l'avant-dernier est son chef, et ainsi de suite. Pour résumer, les deux noms importants sont le premier et le dernier (des ex-aequo sont possibles à chaque position), alors que l'on trouve dans le milieu les personnes ayant ponctuellement fourni un travail expérimental (bien que souvent crucial). Les membres des jurys sont évidemment très au fait de ces arcanes de la recherche et n'accordent que peu d'importance aux papiers dont vous n'êtes pas l'auteur principal, et c'est pourquoi certains conflits peuvent survenir entre post-docs ou thésards dans le besoin de publications. L'ordre des auteurs étant si important, il est parfois sujet à manipulations (inversion de noms selon les besoins ou les préférences du chef, auteur inclus par complaisance alors qu'il n'a aucune part dans les travaux, etc.). Certains journaux tentent d'y remédier en exigeant des auteurs qu'ils précisent quelle a été leur part effective du travail fourni.

La rédaction peut maintenant commencer, et il va de soi qu'elle repose essentiellement sur les épaules des auteurs principaux. A
u fil des sections Introduction, Méthodes, Résultats, Discussion, ceux-ci rédigent tour à tour le manuscrit (en anglais scientifique), valorisant leur démarche, la qualité et la portée de leurs résultats,  tout en respectant les contraintes du journal cible: mettre ou non l'accent sur les méthodes employées, sur les applications potentielles (sans oublier le nombre limite de caractères), etc. Une fois que les auteurs ont achevé leur manuscrit et se sont mis d'accord sur son contenu, il peut être soumis au journal. Le manuscrit est alors aiguillé vers un éditeur, chercheur du même domaine que celui dont traite l'article, attaché à la revue et chargé de choisir deux, parfois trois, referees. Ces derniers, aussi appelés "riviouheurs" dans le joyeux franglais de la recherche, constituent le comité de lecture responsable de la peer-review. A la différence de l'éditeur, ils ne sont pas rattachés au journal, mais comme lui, ils sont choisis parmi les chercheurs du domaine et sont donc fréquemment des concurrents des auteurs. Pour cette raison, il resteront anonymes tout au long du processus, bien que souvent leur identité soit subodorée. Leur travail consiste en une lecture critique du manuscrit portant principalement sur les aspects scientifiques; l'ensemble de leurs critiques est adressé à l'éditeur, qui en fait la synthèse. Selon la décision de l'éditeur, trois cas de figure peuvent se présenter:
1) le papier est accepté, les auteurs fêtent ça lors d'un pot;
2) le papier est accepté sous réserve d'y apporter les modifications suggérées par les referees ou l'éditeur, le chef du labo remet le cidre au frais;
3) le papier est rejeté, les auteurs recommencent tout pour le soumettre à un journal un peu moins prestigieux. Il arrive que les auteurs d'un papier rejeté fasse appel à l'arbitrage de l'éditeur lorsqu'ils soupçonnent un referee de partialité ou d'incompétence, mais c'est rare.
Détail à ne pas négliger, publier un article coûte couramment quelques centaines à quelques milliers de dollars, selon le nombre d'illustrations en couleurs. Ne vous en faites pas, le directeur de recherche est souvent plus qu'heureux de dépenser cet argent.

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Alain MOCCHETTI 30/01/2017 20:03

PUBLICATION DE MES ARTICLES SCIENTIFIQUES SUR GOOGLE ET YOUTUBE
Depuis plus d’un an, je publie environ 10 articles scientifiques par mois sur YouTube (20 publications par article) et sur Google (100 publications directes par article), Google de son côté met 4 publications spontanées sur son Moteur de Recherche. Ainsi, mon objectif pour 2025 est d’avoir 100.000 publications directes et 4500 publications spontanées sur Google ainsi que 20.000 publications sur YouTube. Le cas échéant mon objectif pour 2035 est d’avoir 200.000 publications directes et 9000 publications spontanées sur Google ainsi que 40.000 publications sur YouTube. C’est mon Défi que je vais honorer et je pense que je ferais plus que prévu. Toutes ces publications viennent en complément du Journal Facebook de David MOCCHETTI qui est un véritable Journal Scientifique du genre Sciences & Avenir, à la différence que le Journal Facebook de David est GRATUIT. Je publie sur Facebook depuis décembre 2009 des articles scientifiques à raison de 100 par an, donc 800 articles ont été rédigés par moi dans le passé, mais je n’arrive pas à récupérer les articles qui n’ont pas été publiés sur Google et YouTube. A ce jour, 180 articles sur les 800 ont été publiés sur YouTube et Google, donc il manque 800 – 180 = 620 articles que je n’arrive pas récupérer sur le Mur Facebook de David MOCCHETTI pour les publier sur YouTube et Google. Il est possible d’avoir une vue d’ensemble des 800 articles spontanés publiés sur Google en tapant (alain mocchetti ingénieur) dans le moteur de recherche de Google et 70 publications en tapant d’une part (zettaflopique) dans le Moteur de Recherche et en tapant d’autre part (zettaflopique youtube) pour accéder aux publications directes YouTube figurant sur Google (publications indirectes en particulier) pour voir tous mes articles sur :
- Les Supercalculateurs Pétaflopiques (10^15 flops),
- Les Supercalculateurs Exaflopiques (10^18 flops),
- Les Supercalculateurs Zettaflopiques (10^21 flops),
- Le Supercalculateur Yottaflopique (10^24 flops).
Quel est le but recherché en publiant cette grande quantité d’articles scientifiques :
- Proposer régulièrement à Facebook USA le Journal Facebook de David au concours du meilleur Journal Facebook de l’année,
- Avoir une activité intellectuelle intense en mêlant Esprit d’Analyse et de Synthèse, pour faire des résumés à partir de la grande quantité d’informations que je collecte sur Google,
- Permettre à David de posséder un Journal sur Facebook (David est un Autiste léger, mais il ne sait pas lire et écrire), j’espère faire connaître David à un maximum de personne,
- Echanger des points de vue avec un maximum d’internautes fans de scientifique.

Alain Mocchetti
Ingénieur en Construction Mécanique & en Automatismes
Diplômé Bac + 5 Universitaire (1985)
UFR Sciences de Metz
alainmocchetti@sfr.fr
alainmocchetti@gmail.com
@Alain Mocchetti

Faculté des Sciences de la Terre, de la Géograph 16/09/2014 09:48


merci pour la présentation 

Laurent 17/07/2012 15:09


Des bonnes intuitions pour des chercheurs débutants. Juste un petit ajout, certains auteurs préfèrent envoyer leurs papiers à une conférence premièrement pour ne pas perdre beaucoup de temps (il
faut compter 3 mois au plus tard) et pour avoir un feedback rapide si le papier est rejeté. Mais là il arrive parfois que les (grandes) conférences reçoivent presque 2000 papiers et le nombre de
papiers à respecter est déjà décidé, donc, les papiers intéressant sont filtrés selon le thème de la conférence et seulement ceux dont la thématique est proche du thème de la conf. sont acceptés.
Dans ce cas là, le papier du jeune chercheur est rejeté sans aucun argument solide qui pourrait l'aider à améliorer son papier: un review du genre: " This year we have received a record number of
1088 papers. The review process was extremely selective and many high quality papers could not be accepted for the final program. Out of the 1088 submissions, only 146 (13.4%) were accepted ".

Fr 27/09/2007 00:12

Tu triches, le Quat J of Fin Microbiol n'existe pas.Mais t'aurais cité n'importe quelle revue française l'argument gardait toute sa force.

Timothée 19/09/2007 23:37

Je ne partage pas ton enthousiasme sur ce classement

http://le-doc.info/2007/08/05/199-de-la-super-excellence-des-parasitologues